常用表觀遺傳學資料庫彙總

2021-10-11 02:36:04 字數 1434 閱讀 6755

表觀遺傳學是與遺傳學(genetic)相對應的概念。遺傳學是指基於基因序列改變所 致基因表達水平變化,如基因突變、基因雜合丟失和微衛星不穩定等;而表觀遺傳學則是指基於非基因序列改變所致基因表達水平變化,如dna甲基化和染色質構象變 化等;表觀基因組學(epigenomics) 則是在基因組水平上對表觀遺傳學改變的研究。

資料庫介紹

01

dna甲基化資料庫

1. survivalmeth

功能:survivalmeth是哈爾濱醫科大學李霞教授團隊開發的,2023年8月11日發表在briefings in bioinformatics上。survivalmeth可以識別預後相關 dna methylation-related functional elements (dmfes) ,資料庫中記錄了多種dmfes,包括309,465個cpg島相關元件,104,748個轉錄相關元件,77,634個重複元件,以及細胞型別特異性的1,689,653個超級增強子(se)和1,304,902個ctcf結合區進行分析。survivalmeth收集了36種癌症的dna甲基化譜,並允許使用者在不同的資料集中查詢他們感興趣的基因,以便**預後。此外,survivalmeth不僅整合了不同的組合,包括單個dmfe、多個dmfe、ses和臨床資料,對預上傳資料進行生存分析,還允許上傳來自各種疾病的dmfe的定製dna甲基化圖譜進行分析。survivalmeth為預後dmfes提供了全面的資源和自動化分析,包括dmfe甲基化水平、相關分析、臨床分析、差異分析、dmfe注釋、生存相關詳細結果和生存分析視覺化。

引用:zhang c, zhao n, zhang x, et al. survivalmeth: a web server to investigate the effect of dna methylation-related functional elements on prognosis [published online ahead of print, 2020 aug 11]. brief bioinform. 2020;bbaa162. doi:10.1093/bib/bbaa162

2.methdb資料庫

**:見文末

引用:amoreira c, hindermann w, grunau c. an improved version of the dna methylation database (methdb). nucleic acids res. 2003;31(1):75-77. doi:10.1093/nar/gkg093

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