samtools flagstat命令簡介：
統計輸入檔案的相關資料並將這些資料輸出至螢幕顯示。每一項統計資料都由兩部分組成，分別是qc pass和qc failed，表示通過qc的reads資料量和未通過qc的reads數量。以「pass + failed」格式顯示。還可以根據samtools的標誌位顯示相應的內容，但是這裡不做討論。
命令格式：
samtools flagstat ||
從第一行至第十一行分別表示：
1. qc pass的reads的數量為2499917，未通過qc的reads數量為0，意味著一共有2499971條reads；
2. 重複reads的數量，qc pass和failed
3. 比對到參考基因組上的reads數量；
4. paired reads資料數量；
5. read1的數量；
6. read2 的數量；
7. 正確地匹配到參考序列的reads數量；
8. 一對reads都比對到了參考序列上的數量，但是並不一定比對到同一條染色體上；
9. 一對reads中只有一條與參考序列相匹配的數量；
10. 一對reads比對到不同染色體的數量；
11. 一對reads比對到不同染色體的且比對質量值大於5的數量
linux shell install 命令簡介
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linux中head命令簡析 head命令是用來檢視具體檔案的前面幾行的內容，具體格式如下 head head 20 install.log 通過上面命令你可以檢視install.log這個檔案前面20行的內容 www.2cto.com tail 20 install.log 你還可以使用 tail...