問題是，如果一段dna插入基因組某個或者某些位置了，但是我們不知道其具體位置，希望通過測序的方法來檢測這些位置資訊。
最簡單直接的辦法當然是全基因組測序（最好還要是長度長的三代測序的），然後比對插入基因序列，找邊緣序列（類似於嵌合體，一半是插入的基因序列，一半是基因組的序列）。但是這個辦法相對來說成本比較高。那有沒有相對簡單的辦法呢？答案當然是有的，就是guide-seq。
其基本原理如下圖所示：
出自illumina官網
簡述該流程步驟如下：
準備好加入dsodn的細胞樣本或dna樣本，按照常規文庫構建辦法建好pe文庫，其中引入umi分子標記；
設計插入片段末端的特異性引物，聯合p5通用引物對文庫進行擴增，所得新的dna庫，進行二次擴增，完善p7端接頭序列，即是含有插入片段和原本基因片段的文庫。
進行比對分析，確定插入位點。
分析思路如下圖：
注意其中分析流程中需要去除冗餘重複。
個人的一些理解：
umi模式不一定測序廠商都會願意測，因此umi可以考慮設定在特異性引物外側；
特異性引物設計一定要經過確認；
分析的時候注意過濾掉假陽性結果。
該方法的優點是，快速，容易操作，缺點是資料分析控制不好，實驗過程中，也可能因為因為設計原因或者擴增原因導致一部分位點遺漏。分析流程也許需要慎重考慮。
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