前面的swarm聚類文章中講到過，「 seed 」 是 de novo 思想的演算法在聚類時，選擇的第乙個作為質心或起點的高丰度擴增子，它通常作為 cluster 的代表序列參與物種注釋等其它分析。
從計算機角度來看：演算法的開始，建立乙個初始為空的資料庫，並在處理輸入序列擴充套件資料庫。對於每乙個 cluster ， 資料庫只精確地包含乙個代表性序列。
在uclust中，「 seed 序列 」 這個術語不再使用，為了避免與 blast 和 ublast 等演算法中的對齊種子（即：查詢序列與參考序列比對上的匹配詞）混淆。作為替代，稱質心為「 代表序列 」。
在這裡用ublast舉例來說：
ublast是 edgar 開發的 usearch 包中的乙個工具。
ublast最常用於蛋白質或翻譯搜尋，低相似度的序列比對就可以提供資訊。ublast也支援核苷酸搜尋，但usearch通常更合適，因為核苷酸同源性只有在序列之間具有高相似度時才能檢測到。
因此，ublast被設計為對較遠的（ more distant）序列關係敏感，usearch對於這些序列而言敏感度較低，例如蛋白質的識別率（identity）低於50%。而當序列識別率較低時，查詢序列和資料庫參考序列可能只有乙個簡短的匹配詞（common k mer），如下圖所示。這個匹配詞稱作 「seed」（即：種子）。
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