分子轉殖相關
pcr 引物設計-primer primer
primer premier 是一款由加拿大的 premier 公司開發的專業用於 pcr 或測序引物以及雜交探針的設計、評估的軟體。其主要介面是分為序列編輯視窗（genetank），引物設計視窗（primer design），酶切分析視窗（restriction sites）和 motif 分析視窗。
圖1 primer-design
primer premier 軟體的主要功能分四種：引物設計、限制性內切酶位點分析、dna 基元（motif）查詢和同源性分析功能。此外，該軟體還有一些特殊功能：簡併引物設計，序列」朗讀」、dna 與蛋白序列的互換、語音提示鍵盤輸入等等。
引物設計的注意事項
① 引物的長度一般為15-30 bp，最好在18~24 bp，因為太短易形成錯配(false priming) 降低特異性，而太長也會降低特異性，並且降低產量。
② 引物在模板內最好具有單一性，也就是說在模板內部沒有錯配。特別是3』端，一定要避免連續4個以上的鹼基互補錯配。
③ 引物序列的 gc 含量最好在40％一60％，且上下游引物序列 gc 含量的差異不要太大，3』端最後5個鹼基最好不要富含 gc，特別是連續3個的 g 或 c。
④ 引物所在的模板區域應該位於外顯子區，最好跨越乙個內含子區，這樣便於對擴增出來的片段進行功能鑑定和表型分析。
⑤ 如果以 dna 為模板設計引物，產物長度在100—600 bp 比較理想。而以 mrna 為模板設計引物時，產物長度在150—300 bp 比較理想。
⑥ 5』 端對 pcr 影響不太大，可以引進修飾位點和標記物。
質粒圖譜查詢 — vector nti
vector nti advance 11.5 是目前整合度最高，使用的最高的多功能桌面序列分析軟體包，包含了一整套資料分析和管理的工具。可以檢視質粒圖譜檢視和編輯、序列比對等。
和 primer premier 5 一樣，是很多的分子生物學實驗室的標配。vector nti 最新的版本11.5是2023年發布，更多版本的請參照右邊鏈結
質粒圖譜查詢 — snapgene
snapgene 可以做質粒圖譜、直觀的查詢酶切位點、標記基因片段屬性、直觀檢視引物所在位置，檢視開放閱讀框所編碼氨基酸，還可以進行多序列比對、自動引物設計、支援 gibson assembly、直接匯入 genbank 序列號等。當然正版軟體**也很貴，單一授權$350/年，或$750/永久。詳情可登入官網進行查詢：
蛋白相關
資料分析 – origin
origin，也有小夥伴叫它橙子，是由 originlab 公司開發的乙個科學繪圖、資料分析軟體，只支援在 microsoft windows下執行，支援各種各樣的 2d/3d 圖形。origin 中的資料分析功能包括統計，訊號處理，曲線擬合以及峰值分析；支援多種格式的資料，包括 ascii、excel、diadem、netcdf、spc 等等。曲線擬合是採用基於 levernberg-marquardt 演算法（lma）的非線性最小二乘法擬合。翻譯過來就是操作簡單，頁面簡潔，適合初學者使用。
不過，因為 origin 的專案檔（.pro）是封閉格式，並且只支援 windows 這個作業系統，是其較大的缺點。因此網路上也有不少免費及開源或自由軟體實作出類似功能的軟體。其中以 labplot（基於 kde 函式庫）以及 qtiplot（基於 qt 開發的）為較為知名的同類軟體，因此在實驗室資料分析方面的工作，小夥伴也可以考慮這兩套軟體。
文獻管理
endnote
這是乙個專門用於管理參考文獻資料庫的軟體，可以作為外掛程式適用於 office，wps。並自動根據文獻的先後順序編號，按照指定的格式將文獻附在文章的最後。如果在文章中間插入了引用的新文獻，軟體會自動更新編號，並將引用的文獻插入到文章最後參考文獻中合適的位置。
readcube
microsoft onenote 是老牌筆記類軟體，在如今百花齊放的筆記類市場仍然有眾多死忠粉的擁護。近年推出的 notion 也還不錯，但仍然無法取代 onenote 在筆記體系中的核心地位。
軟體優勢
① 免費：onenote 屬於 microsoft office 套件之一，但 onenote 已經從 office 裡面單獨免費出來。
② 強大的編輯功能：onenote 的編輯功能不僅非常強大，而且和其它office 套件一脈相承，這也意味著它非常容易上手，輕度使用者幾乎不需要學習成本。
③ 層次分明的筆記本系統：onenote 的系統很像一本書，書中有章，章下有節，節下有頁。在「筆記本」下可建立：「分割槽組- 分割槽- 頁- 子頁」。分割槽組中還可以建立分割槽組，算是有無限層級了。這種樹狀結構很適合知識管理，邏輯層次清晰、友好。
分子排列不同會導致 分子生物學 習題集 總
2 你認為dna退火溫度是大於 等於還是小於t m？為什麼？3 嗜熱菌能夠生存在高達100 的環境，你認為這一類細菌可以使用哪些手段維持其dna在高溫下仍然處於雙螺旋狀態。4 某些生物喜歡生活在熱水之中！例如，某些細菌適宜生活在近乎沸騰的熱泉中，如果將它們放在正常的溫度下 37 左右 反而不利於它們...