workLog 序列的前處理 cutadapt

除了之前merge，拿qc分數過濾（已經忘了是怎麼做的），還有一些其他的處理要做。

序列有正反兩端，還有不同的3』,5』的尾巴，不處理不足以平民憤。

水平太有限了，10e7的序列也不知道怎麼統計和比對。反正也是要找相同的序列，用seqkit發現有乙個sort功能（sort的規則沒看明白），-s 按seq sort，幹就完了。

seqkit sort -s outm.fa -o sortall.fa

seqkit split -p 100 sortall.fa

但是stats看一下，前面和後面的檔案seq length都是250-490，不過aaa開頭的都在前半，51的一半（51_5）都是反向序列，後面都是cat…開頭的正向序列

計畫拿酶切位點trim，正向序列是ccatgg…gcggccgc

安裝cutadapt去處理序列

參考：

$ conda install -c bioconda cutadapt

cutadapt -a ccatgg sortall.part_002.fa -o trimp2.fa

cutadapt -g gcggccgc trimp2.fa -o trimp2ag.fa

翻譯一下，發現完全ojbk！

trim時候還會給出有多少被trim掉的比例，就可以找到測序中丟失的序列數。好得很

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