pam矩陣的記分方法是基於蛋白序列中單點可接受(point accepted mutation, pam)的概念，通過對蛋白質進化模式的研究而建立的。 pam矩陣是由dayhoff等人構建了與71個家族的序列關聯的假想系統發育樹，其中每對序列間的差異不超過它們殘基總數的15%，用簡約法建樹，統計相似序列比對中的替換發生率來得到的。即，構建乙個序列間相似度很高(通常大於85%)的比對。接著計算每個氨基酸a的相對突變率σca
ac
\sigma _ a _
σcaac
。相對突變率僅僅就是某種氨基酸被其他任意氨基酸替換的次數。然後我們針對每個氨基酸對a和b，計算氨基酸b被氨基酸a替換的次數aab
a _
aab
。最後將以上替換次數( aij 的值)除以對應的相對替換率，利用每個氨基酸出現的頻度對其進行標準化，並將以上計算結果取常用對數，於是得到了pam矩陣。這種矩陣被稱作對數機率矩陣，因為其中的元素是根據每個氨基酸替換率的對數值來得到的。即，p(b|a)=ba,
bb_
ba,b=aab
a _
aab
/σ ca
ac
\sigma _ a _
σcaac
dayhoff等人定義，如果替換次數的期望值為1%，即∑a≠
bqaq
bba,
b\sum _ q _ q _ b _
∑a=b
qa
qbb
a,b
=0.01，則成此替換矩陣為pam-1矩陣。注意pam矩陣的值是隨著進化時間而變化的。進化時間是體現在序列間殘基的等同率，因為當兩條序列不久前才由共同祖先分化而來時，這兩條序列的多數殘基是等同的。而pam-1的1表示序列間的殘基差異率是1%，表示這些序列才進化了很短時間，它們相距了1個pam距離。
而將pam-1矩陣進行自乘，如自乘n次就得到了pam-n矩陣。乙個pam-n矩陣元素(i，j)的值反映兩條相距n個pam單位的序列中第i種氨基酸替換第j種氨基酸的概率。
我們可以根據序列的長度以及序列間的先驗相似程度來選用特定的pam矩陣，應用與序列比對。pam-1矩陣適於用來比較親緣關係非常近的序列，而pam-1000矩陣可以用來比較親緣性非常遠的序列。實踐中用的最多的且比較折衷的矩陣是pam-250。
本篇總結：
本篇主要介紹了pam矩陣，也許這時又有疑問：為啥pam-1矩陣自乘n次，就得到了相距n個進化距離序列替換矩陣。其實涉及了一些馬氏鏈的概念，由於參加數模時學過馬氏鏈，所以將在以後的博文進行介紹。
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