m 常用於描述reads 的數量。 例如 10m 就是 10 *10^6 條reads
g 常用於描述這一批次測序共有的鹼基數量。 例如 10g 就是10*10^9個鹼基
比如說對於3g測序量的理解:
3g指有 5*10^9 個鹼基,假如採取illumia的pe150測序,即150bp雙端測序,算有多少m測序量的公式為 3*10^9 / 150 / 2 =10 m
測序深度 = 測序得到的鹼基總個數 / 參考基因組大小
比如說對於30g測序量的人類基因組測序深度是多少?(人類參考基因組3g)
測序深度 = 30*10^9 / 3*10^9 =10x
測序獲得的序列佔整個基因組的比例
測序深度
覆蓋率snp檢出率
研究目的
6-10x
90%-99%
70%-90%
群體結構,群體選擇分析等等
30x99.9%-100%
95%-99%
個體基因組資訊
50x99.9%-100%
>99%
bsa、癌細胞樣本測序、關心突變頻率的研究型別
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