JBrowse使用說明 參考基因組準備

2021-09-20 01:10:00 字數 1348 閱讀 6396

注意:這一步必須在後續步驟之前執行。

通常，我們需要準備乙個物種的基因組fasta檔案，當然rna和protein都是沒有問題。通過prepare-refseqs.pl格式化生成的track，這為後續所有檔案提供乙個座標，一直放大後參考序列的鹼基也會顯示出來。生成的track 會為後續所有檔案提供乙個座標，一直放大後參考序列的鹼基也會顯示出來。

主要用到工具是prepare-refseqs.pl,他的用法很多，如下：

prepare-refseqs.pl --gff [options]


# or:


prepare-refseqs.pl --fasta --fasta [options]


# or:


prepare-refseqs.pl --indexed_fasta [options]


# or:


prepare-refseqs.pl --twobit [options]


# or:


prepare-refseqs.pl --conf [options]


# or:


prepare-refseqs.pl --sizes [options]
# 以下操作在jbrowse家目錄，序列檔案根據實際情況修改


bin/prepare-refseqs.pl --fasta ~/lyrata/sequence/alyrata_384_v1.fa
特徵序列一般以"gff|gbk|bed"格式存放，用於註明序列的資訊。所需工具為flatfile-to-json.pl

bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/lyrata/annotation/alyrata_384_v2.1.gene.gff3 --tracktype canvasfeatures --tracklabel lyrata
結果是在當前目錄下生成data，data裡包括序列track配置檔案. 同樣可以用--out引數輸出到指定資料夾。

bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/athalina/tair10/tair10_gff3_genes.gtf --tracklabel gene --out ./athaliana/
除了在jbrowse上通過具體位置定位外，我們還可以0jbrowse上通過基因名快速定位到目標區間，只需要在上兩步的基礎上執行下面程式即可。

bin/generate-names.pl

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