組裝工具彙總 佔坑用

適用於二代和三代混合組裝，也可以就只裝二代資料。

軟體使用分為三步：

建立配置檔案

~/opt/biosoft/masurca-3.2.4/bin/masurca -g config.txt

主要分為data和parameters，data部分用來指定pe（雙端illumina普通文庫), jump（illumina大片段文庫), other（其他平台的測序結果）

pe = aa 180 20 /data/fwd_reads.fastq /data/rev_reads.fastq

# 兩個字元作為字首，文庫插入平均大小，標準差(如果不清楚，約等於文庫插入平均大小x0.15）

~/opt/biosoft/masurca-3.2.4/bin/masurca  config.txt

./assemble.sh

三代測序組裝工具Canu學習筆記

canu是celera的繼任者，能用於組裝pacbio和nanopore兩家公司得到的測序結果。canu分為三個步驟 糾錯，修整和組裝。wget c o pacbio.fastq wget c o oxford.fasta 為了測試方便，這裡沒有從 canu 的原始碼編譯，而是直接使用的 docke...

協議封裝工具 protobuf

前段時間接觸了下大名鼎鼎的 protocol buffers 1.何為protobuf 首先，protobuf是乙個開源專案 而且是後台很硬的開源專案。由google開發，並且在google內部久經考驗的乙個東東。由此可見，它的作者絕非一般閒雜人等可比。簡單地說，protobuf 就是把某種資料結構...

Ubuntu安裝工具篇

1.1 選擇安裝 重新安裝vmware tools 1.3 進入安裝包目錄 1.4 解壓安裝包 指令 tar zxvf vmwaretools 10.2.5 8068393.tar.gz 如果報以下錯誤 chmod changing permissions of vmwaretools 10.2.5...