本文主要解決問題:you may need to install the bio::pfam::scan::pfamscan module
1,需要先安裝 hmmer3軟體:
然後解壓,進入軟體hmmer3所在目錄,開始安裝軟體:
./configure --prefix=你想把軟體安裝的目錄的絕對路徑
make
make install
把bin目錄加入環境中:export path=/path/to/install/hmmer3/bin:$path
2,pfam軟體安裝
wget
wget
3.通過hmmerspress格式化pfam資料庫:hmmpress pfam-a.hmm
4,把pfam目錄加入環境,pfam_scan.pl所在目錄。
export perl5lib=/path/to/pfam_scan:$perl5lib
5,安裝perl模板moose
eval `perl -i ~/perl5/lib/perl5 -mlocal::lib`
echo 'eval `perl -i ~/perl5/lib/perl5 -mlocal::lib`' >> ~/.profile
echo 'export manpath=$home/perl5/man:$manpath' >> ~/.profile
然後使用cpanm moose安裝moose模組。
7,將pfamscan目錄下的bio資料夾移動到perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi目錄下,主要是解決以下錯誤:
> can't locate bio/pfam/scan/pfamscan.pm in @inc (you may need to install the bio::pfam::scan::pfamscan module) (@inc contains: /lustre/home//perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5/5.28.1 /lustre/home/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1 /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1) at ./pfam_scan.pl line 8.
參考:
無root許可權安裝python
pipe 安裝第三方包 最近在剛分的主機操作,發現python沒有我想要的那個庫,只能安裝,但是沒有root許可權,只能按到 home 使用者下 在修改環境變數即可。步驟如下 之前要先建立目錄 mkdir p home doujinye opt python2.7 1 tar xvf python ...
linux無root許可權安裝軟體
在有些公司是不會給開發人員root許可權的,但是開發人員有時候也需要裝一些軟體。沒有root許可權是否可以成功安裝軟體呢?答案是yes。本文以安裝nginx為例說明下如何操作。沒有root許可權時往往也就沒有許可權操作一些系統目錄,例如bin,usr等。所以在安裝時需要配置將安裝檔案裝在當前使用者有...
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