無root許可權安裝Pfam的筆記

2021-09-09 05:28:59 字數 1451 閱讀 7506

本文主要解決問題:you may need to install the bio::pfam::scan::pfamscan module

1,需要先安裝 hmmer3軟體:

然後解壓,進入軟體hmmer3所在目錄,開始安裝軟體:

./configure --prefix=你想把軟體安裝的目錄的絕對路徑

make

make install

把bin目錄加入環境中:export path=/path/to/install/hmmer3/bin:$path

2,pfam軟體安裝

wget  

wget 

3.通過hmmerspress格式化pfam資料庫:hmmpress pfam-a.hmm

4,把pfam目錄加入環境,pfam_scan.pl所在目錄。

export perl5lib=/path/to/pfam_scan:$perl5lib

5,安裝perl模板moose

eval `perl -i ~/perl5/lib/perl5 -mlocal::lib`

echo 'eval `perl -i ~/perl5/lib/perl5 -mlocal::lib`' >> ~/.profile

echo 'export manpath=$home/perl5/man:$manpath' >> ~/.profile

然後使用cpanm moose安裝moose模組。

7,將pfamscan目錄下的bio資料夾移動到perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi目錄下,主要是解決以下錯誤:

> can't locate bio/pfam/scan/pfamscan.pm in @inc (you may need to install the bio::pfam::scan::pfamscan module) (@inc contains: /lustre/home//perl5/lib/perl5/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5/5.28.1 /lustre/home/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib/perl5 /home/bio/date/perl5/lib /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/site_perl/5.28.1 /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1/x86_64-linux-thread-multi /lustre/home/bio/date/perl5/lib/5.28.1) at ./pfam_scan.pl line 8.

參考:

無root許可權安裝python

pipe 安裝第三方包 最近在剛分的主機操作,發現python沒有我想要的那個庫,只能安裝,但是沒有root許可權,只能按到 home 使用者下 在修改環境變數即可。步驟如下 之前要先建立目錄 mkdir p home doujinye opt python2.7 1 tar xvf python ...

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