find_circ 通過識別junction reads 來**circrna
和參考基因組比對完之後,首先剔除和基因組完全比對的reads,保留沒比對上的reads, 這部分reads 直接比是比對不上基因組的,因為其來自不同的外顯子區域,直接比對的話不允許這麼大片段的缺失,那麼如何區分剪下的spliced read 和 來自環狀rna的junction read呢,從上面的示意圖我們可以直接看出,spliced read 的兩部分比對在基因組上的前後位置和轉錄本中的位置保持一致,而來自circrna的junction read 其比對的位置是相反的;具體操作的時候,首先從junction read的5'端和3'端取一部分序列,分別叫做5' anchor 和 3" anchor, 如果兩個序列比對的位置是相反的,這條reads 就是乙個可能的junction read, 然後將anchor read 一直延伸,直到連線處為止,如果到連線處為止序列都能夠完全匹配,再看連線點處的剪下模式是否符合ag-gt的剪下模式,如果以上條件都滿足,就認定這是乙個circrna
通過對不同組織中的circrna 進行**,發現不同組織中存在的circrna的數量和種類是有差別的,就是說circrna 具有組織特異性
對人的不同的細胞系進行環狀rna的**,發現不同細胞系中存在的circrna的數量和種類都是有差異的,說明circrna 具有組織特異性;
**得到的circrna如何驗證:
以上面的circrna 為例,通常為擴增這一區域的線性rna, 我們採用的引物都是convertgent 所示的方向,但是為了擴增circrna, 引物的方向應該是divergent 方向
通過電泳的結果可以看到,對於cdna , 使用divergent 方向的引物可以擴增出circrna 片段,而對於基因組dna(gdna), 則擴增不出對應的片段來
視覺識別入門之識別 口罩識別
時隔多月未動筆寫文,一是自己初學很多不明白的地方都在快速地學習,從現在開始定期寫文,我是水彩筆一根,但確是對著生活和學習充滿極度熱情的人,希望能帶著讀者們一起進步,一起學習,三人行必有我師焉!都說寫文的都是大佬級的人物才寫的,我這種水彩筆本不應該淌這趟水,不過在自己學習道路上有很多碩博的朋友以及現在...
Redy詞法識別 綜合識別
這一章的內容有 這一章大家會看到乙個完整的大的狀態機,用於識別redy語言中的所有詞文。在前面我們基本上講完了redy中大部份詞文,其中有變數,字串,注釋,整數,長整數,浮點數,運算子。但還有一小部份詞文在前面還沒有提到過,分別為 關鍵字 如if,else,while,for等 語句分隔符 符號 和...
護照識別ocr識別技術
一 護照識別ocr技術應用背景 護照是乙個國家的公民出入本國國境和到國外旅行或居留時,由本國發給的一種證明該公 籍和身份的合法證件。如今,在很多 中都涉及到對護照資訊錄入錄入,由於護照上的資訊量非常大,如果手動去輸入護照資訊,速度非常慢,且使用者體驗非常差,效率非常低。為了提高在移動終端上輸入護照資...