盤點 國內天然產物資料庫

2021-09-30 18:59:14 字數 2847 閱讀 4062

天然產物是新藥發現的重要源泉,天然產物化學成分實物庫與資料庫的建設對天然產物的研究與開發有重要的意義。本文就目前國內可以公開查詢到的有關天然產物的實物庫和資料庫建設情況進行概述,希望對天然產物的研究與開發有所幫助。

1、中國天然產物資料庫[chinese natural product database (cnpdtm)]

cnpdtm

資料庫包括兩方面內容:一是庫管理系統,二是資料本身。

資料庫是利用先進的化學資訊管理系統 isis/base & draw 進行資料管理,可以方便地連線其他應用系統如 biovia 所提供的分子模擬和分子設計軟體系統 discovery studio。 目前共收集了五萬七千多個天然產物,涵蓋天然產物的三十七個類別。而且類藥性分析結果標明,其中有 70%的分子是類藥性分子。

• 天然產物的二維分子結構及三維分子結構。三維分子結構是利用分子力學方法優化得到的。匯出的三維分子結構不僅可以進行針對藥物靶標的虛擬篩選,而且可以將三維分子結構與生物活性資料相結合,來探索分子結構和活性間的相互關係。

•  天然產物的名稱、分子式、分子量、熔點、旋光度等重要理化性質。

•  天然產物的 cas 登入號。cas 登入號可以作為與其它化學資訊資源關聯的便捷介面。

•  一些天然產物的生物活性資訊及其參考文獻。包括文獻**、作者、年代等詳細資訊。

•  天然產物的自然**及其參考文獻。包括文獻**、作者、年代等詳細資訊。

•  原植物或其同屬中藥在中國傳統醫藥中的應用。包括中文名,拉丁文名,性味,歸經及功用主治等。

2、微生物天然產物資料庫mnpd

《微生物天然產物資料庫mnpd(microbial natural products database)》是國內唯一的微生物**的天然產物資料庫。mnpd構建於mdl公司isis化學資訊管理系統開發平台之上,收集了近幾十年來主要相關專業文獻、專利及專著中的微生物天然產物共16000個,其中有確切化學結構式的共10000多個。mnpd收集的資訊,主要包括以下幾個方面內容:

1.微生物天然產物的名稱、分子式、分子量、結構型別、cas登記號、顏色、晶型、熔點、旋光度、溶解性、紫外和紅外特徵吸收峰等重要理化性質。

2.已確定結構的微生物天然產物的二維化學結構式及利用分子力學方法優化得到的三維結構式。

3.微生物產物的產生菌、製備方法及生物活性。

4.原始參考文獻及專利資訊。

mnpd可以為從事天然產物、藥物化學、微生物學、生物化學、藥理學、新藥篩選、藥物設計、組合化學、化學資訊學等領域的科研人員提供極大的幫助。

海洋天然產物三維結構資料庫

該資料庫含有約31000個海洋天然產物的準確三維結構,可直接用於虛擬篩選與智慧型藥物設計,提公升海洋藥物開發速度與效率。

海洋試點國家實驗室構建了全球首個包含3萬餘個人類已知的海洋化合物的3d資料庫、首次完成170餘個美國fda批准的腫瘤藥物靶點對海洋化合物資料庫的精確篩選,發現1000餘個具有開發前景的抗腫瘤藥物苗頭分子,經過生物學、藥理藥效學分析,海洋藥物篩選準確率由20%以下躍公升到70%以上。

中國天然產物化學成分庫

收集了目前研究較為深入的中草藥化學成分資訊,共收錄化學成分1萬餘種,涉及中草藥 4500餘種。該資料庫的研製參考了《中藥原植物化學成分手冊》,《植物藥有效成分手冊》和《中藥抗腫瘤有效成分藥理與應用》等。著錄專案:中文名稱,英文名稱,分子式,分子量,化學結構,生物活性,植物**。中國天然產物化學成分資料庫的建設,將為藥物設計和藥物研發工作者提供資訊全面、方便快捷的資訊查詢服務。

檢索途徑:簡單查詢和高階查詢兩種途徑。簡單查詢:中文名稱和英文名稱;高階查詢:中文名稱,英文名稱,分子式,分子量,生物活性,植物**。

藥物和天然產物資料庫

屬上海有機所

化學專業資料庫

系統的一部分。

1. 本資料庫包括如下內容:

a) 化合物標識資訊:cas號、中英文名稱(系統命名和俗名、商品名)、分子式 等

b) 藥物資訊:理化性質、藥理毒性、用途 等

c) 天然產物資訊:應用、開發狀況、分解係數、毒性實驗資料 等

d) 專利資訊 :專利號、專利文獻的標題、申請日期、批准日期、發明人、所有權人、專利的用途 等

2. 藥物和天然產物的資料的檢索途徑:

a) 化合物標識資訊

b) 用途、應用

3. 專利資料的檢索途徑:

a) 專利號、專利文獻的標題、申請日期、批准日期、發明人、所有權人、專利的用途 。

6、藥用天然產物提取物活性資料庫

資料庫整合了九千多個藥用天然產物提取物的原材料資訊,提取方法資訊,生物活性評價方法,生物活性資料活性評價相關人員資訊等。活性結果涉及抗腫瘤,抗炎,心血管,腦神經等多方面的藥理活性評價,為中藥的科學研究和臨床應用提供參考依據。本資料庫的數量在50,000條以上。可以通過資料庫的

高階搜尋

進行資料的綜合查詢。

7、dsms天然產物庫

該資料庫是由廣州愛菩新醫藥開發的,屬於化合物資源庫的一部分。同時還含有藥物庫,合成化合物庫等。該資料庫整合了五千多種天然產物的分子資訊,化學結構(3d)等。dsms綜合虛擬篩選與實體篩選的藥物篩選資料管理系統,內建化合物資源庫,為大規模化合物高通量篩選提供資料管理一站式解決方案,加速藥物發現。整合虛擬篩選、實體篩選及化合物資源三大模組,資料相互關聯。基於相似性原理,從化合物資源庫中查詢相似化合物,從而進行生物實驗驗證,並將篩選資料通過實體篩選模組管理,乙個活性化合物發現多個活性化合物,實現一站式科研資料管理。

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