配置高效能計算集群

2021-09-28 23:13:36 字數 3128 閱讀 3112

① ifconfig -a; 或 ② 介面右上角圖形化設定

① vi /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-em1

修改為 ipaddr=192.168.5.70;

注釋掉 bootproto=「dhcp」(通過 dhcp 協議獲取 ip)或改為"static"(靜態 ip 位址)

② service network restart 或 /etc/init.d/network restart

③ ifconfig -a 看 ip 位址有未修改

vi /etc/hosts

檔案中加入"192.168.5.71 bio71"等組內節點的 ip 和名稱,一行乙個本組佔 70,71,72,73

centos6: -chkconfig --levels 35 iptables of centos7: systemctl disable firewalld

vi /etc/exports

編輯檔案,將目錄/usr/local 和/usr/home 設為共享

/home 192.168.5.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)

/usr/local 192.168.5.0/255.255.255.0(rw,no_root_squash)

2.2 啟動nfs守護程序chkconfig --levels 35 nfs on service nfs restart

vi /etc/fstab

新增行(注意使用伺服器節點名稱)

bio70:/home

/home nfs

defaults00

bio70:/usr/local

/usr/local nfs

defaults00

3.2 備份/home

複製/home,或重新命名並建立新的/home

mv /home /home2

mkdir /home

等伺服器節點配置成功後,執行

mount -a

若成功載入 nfs,執行下列指令會顯示各檔案系統及其資訊df -k

nis 伺服器端安裝nis 相關軟體包ypserv、yp-tools、ypbind; nis 客戶端安裝yp-tools 和ypbind。

修改/etc/sysconfig/network 設定nis 的網域名稱:

created by anaconda

nisdomain=bioinfo

伺服器端修改檔案/etc/rc.d/rc.local,實現開機自動加入nis 域:

/bin/nisdomainname bioinfo

伺服器端修改檔案/etc/ypserv.conf,設定特定的nis 伺服器訪問許可權

伺服器端啟動相關服務rpcbind 和ypserv

shell# systemctl start rpcbind

shell# systemctl start ypserv

shell# rpcinfo -p localhost

shell# rpcinfo -u localhost ypserv

4.6 新增本地使用者

shell# useradd bio70

shell# useradd bio71

shell# passwd bio4348

shell# passwd bio4348

4.7 建立賬戶資料庫

shell# /usr/lib64/yp/ypinit -m

4.8 修改客戶端使用者資訊、密碼、組、主機的認證順序檔案/etc/nsswitch.conf:

passwd: files nis

shadow: files nis

group: files nis

hosts: files dns nis

4.9 修改客戶端配置檔案

domain bioinfo server mu71

4.11 修改客戶端系統認證檔案

usenis=yes

4.12 修改客戶端系統認證檔案

password sufficient pam_unix.so md5 shadow nis nullok try_first_pass use_authtok

4.13 客戶端檢測是否配置成功

shell# yptest

4.14 最後要記住用 chkconfig 或 systemctl 將需要啟動執行的服務加入啟動程式中。

5.1 啟動sshd守護程序chkconfig --levels 35 sshd on service sshd restart

ssh-keygen -t rsa

一路回車,不需輸入密碼

此時在~即/home/bio 目錄下產生資料夾.ssh cd /home/bio/.ssh

cp id_rsa.pub authorized_key

此時輸入 ssh 如 "ssh bio31"等可以訪問其他節點的/root 目錄

yum install make ///安裝 make 程式

yum install gcc ///安裝 gcc 編譯器(支援 c 編譯)

yum isntall gcc-c++ ///安裝 g++編譯器(支援 c++編譯)

tar xzf mpich-3.2.1.tar.gz cd mpich-3.2.1

新建安裝目錄 mpich-install(假設在/home/bio 下)

cd /home/bio

mkdir mpich-install

cd /home/bio/downloads/mpich-3.2.1

./configure --prefix=/home/bio/mpich-install 2>&1 | tee c.txt

如果執行通過,最後一行出現"configuration complete!"

make 2>&1 | tee m.txt

make install 2>&1 | tee mi.txt

path=/home/bio/mpich-install/bin:$path ; export path

which mpicc ///均輸出正確路徑名為安裝成功which mpiexec

which mpirun

cd examples

mpiexec -n 5 ./cpi ///輸出π值

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