helm : hierarchical editing language for macromolecules
helm可以表示各種生物分子，例如蛋白質，核苷酸，抗體藥物偶聯物等，其大小和複雜性使現有的基於小分子和基於序列的資訊學方法學不可行或不可用。
將helm字串替換為要視覺化的helm字串，還可以將mol物件轉換為其他格式，例如smiles，可以將其轉換為helm表示法。
from rdkit import chem
from rdkit.chem.draw import ipythonconsole
from rdkit.chem import draw
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
import matplotlib as mpl
mpl.rcparams['figure.figsize']= 10,10
helmstring = "peptide1$$$$v2.0"mol = chem.molfromhelm(helmstring)
mol
rdkit 修改分子
三 芳香共軛鍵和庫里單雙鍵 usr bin python coding utf 8 rdkit 修改分子 from rdkit import chem from rdkit.chem import draw mol chem.molfromsmiles oc1c2c1cc2 畫分子結構 分子結構圖 ...
rdkit 子結構搜尋
三 smarts usr bin python coding utf 8 rdkit 子結構搜尋 from rdkit import chem子結構搜尋可以通過smarts匹配符完成。首先建立分子物件，然後定義匹配模式，最後判斷是否有子結構。匹配模式 支援chem.molfromsmarts 和 c...
RDKit 分子修改與編輯
二 高階篇 正常情況下，分子在rdkit中儲存時，氫以隱式氫的形式儲存，即不會在中顯示出來。當需要加入氫原子時，例如要生成和優化立體結構，可以通過函式加上氫原子。from rdkit import chem m chem.molfromsmiles cco print m.getnumatoms 3...