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輸入檔案
dna序列的sam檔案
第一列，序列名；第十列，序列；分割 tab
目標計算每個read的gc含量（只考慮dna序列由atgc組成的情況），並輸出結果到檔案
輸出檔案
第一列read id，第二列read的序列，第三列gc含量
def cal_gc(seq):
"""計算gc含量
"""seq = seq.upper() #全部轉換為大寫
return round((seq.count('c') + seq.count('g')) / float(len(seq)),2)
#round 用於保留兩位小數，float將序列長度轉換為浮點型
infile = 'data/alignment.sam'
outfile = 'output/gc.txt'
in_handle = open(infile) #open(檔案路徑，開啟方式預設為r)
out_handle = open(outfile, 'w')
out_handle.write('read_id\tseq\tgc\n') #表頭
cnt = 0
for line in in_handle:
if cnt != 0: #用於有列名時去掉第一行列名
row = line.split('\t') #返回列表
read_id = row[0]
seq = row[9]
gc = cal_gc(seq)
#print([read_id, seq, gc]) #檢查
out_handle.write('%s\t%s\t%s\n' % (read_id,seq,gc)) # %s佔位符
cnt += 1
in_handle.close()
out_handle.close()
def cal_gc(seq):
"""計算gc含量
"""seq = seq.upper() #全部轉換為大寫
return round((seq.count('c') + seq.count('g')) / float(len(seq)),2)
#round 用於保留兩位小數，float將序列長度轉換為浮點型
infile = 'data/alignment.sam'
outfile = 'output/gc.txt'
in_handle = none
out_handle = none
try:
in_handle = open(infile) #open(檔案路徑，開啟方式預設為r)
out_handle = open(outfile, 'w')
out_handle.write('read_id\tseq\tgc\n') #表頭
cnt = 0
for line in in_handle:
if cnt != 0: #用於有列名時去掉第一行列名
row = line.split('\t') #返回列表
read_id = row[0]
seq = row[9]
gc = cal_gc(seq)
#print([read_id, seq, gc]) #檢查
out_handle.write('%s\t%s\t%s\n' % (read_id,seq,gc)) # %s佔位符
cnt += 1
finally:
in_handle.close()
out_handle.close()
#不論try中是否有異常，finally中的內容都會執行
def cal_gc(seq):
"""計算gc含量
"""seq = seq.upper() #全部轉換為大寫
return round((seq.count('c') + seq.count('g')) / float(len(seq)),2)
#round 用於保留兩位小數，float將序列長度轉換為浮點型
infile = 'data/alignment.sam'
outfile = 'output/gc.txt'
with open(infile) as in_handle, open(outfile,'w') as out_handle:
out_handle.write('read_id\tseq\tgc\n') #表頭
cnt = 0
for line in in_handle:
if cnt != 0: #用於有列名時去掉第一行列名
row = line.split('\t') #返回列表
read_id = row[0]
seq = row[9]
gc = cal_gc(seq)
#print([read_id, seq, gc]) #檢查
out_handle.write('%s\t%s\t%s\n' % (read_id,seq,gc)) # %s佔位符
cnt += 1
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