處理軟體錯誤分為兩步：
第一，診斷原因；
第二，尋找解決方案。
軟體為何會出錯？
在命令列模式下執行生物軟體，主要考慮三個因素。軟體，輸入檔案，選項引數。那麼可能出錯的地方也就在此。部分情況下也可能是硬體問題，比如資源不足。
1、command not found
這樣的錯誤，原因就是軟體沒有安裝，或者是軟體路徑沒有寫正確，還有一種可能是軟體名寫錯了，或者沒有區分大小寫；
解決方案：
1、檢測軟體是否安裝正確，有可執行程式，使用全路徑試一下；
2、將軟體可執行程式路徑新增到.bashrc 檔案中的path變數中
2、no such file or directory
如果敲軟體名，軟體可以執行，或者之前軟體都可以執行，那麼絕大部分就是輸入檔案的問題。輸入檔案經常出現「no such file or directory」，這就是因為輸入檔案路徑寫錯了，在r語言中「error: object 『x』 not found」的錯誤與之類似。那麼檢查一下這個物件是否存在，是否有值。
解決方案
檢查檔案路徑是否正確，檔案是否存在；
3、檔案格式
對於輸入檔案，另乙個比較重要的錯誤就是檔案格式。每一款軟體都需要嚴格的輸入檔案格式，比如fastq，fasta，sam，bam，vcf等，不能隨便輸入。還有就是數量的問題，軟體需要輸入三個檔案，你就不能輸入兩個，也不能輸入四個。
4、軟體選項引數
如果軟體和輸入檔案都沒有錯誤，那麼就有可能是選項引數的問題。檢查選項引數是否寫正確，-i 是否寫成-a了，是否忘了加空格。一般這種情況下，軟體不會執行，而是給出幫助資訊。
5、permission denied
這個是因為沒有寫的許可權，就會提示，「permission denied」，有些軟體預設安裝到系統目錄，普通使用者沒有許可權往這些路徑寫內容。
6、缺少lib***.so檔案
這種一般是缺少配置，可能是系統中沒有安裝相應的軟體包，也可能是安裝了，你沒有新增到到自己配置檔案中。這種問題一般都是google一下，或者bing一下錯誤，查一下到底缺的是哪個軟體包，這種一般都是系統檔案，找到之後通過yum或者apt安裝上軟體包就可以了。
如何解決錯誤？
如果是像上面介紹過的錯誤，一般容易發現，比較好解決。但是軟體、輸入檔案，選項引數都檢查過了，還是提示錯誤，該如何解決呢？
1、學會分析問題
好的軟體在內部都會有處理錯誤的機制，比如perl或者python的程式，一般會提示錯誤，面對錯誤，一定要做到，不要害怕。嘗試閱讀提示內容。如果發現裡面有memory，那麼就可能是和記憶體相關，是不是記憶體不夠用了。如果是包含socket，那麼可能是網路問題等；
2、google一下
你所遇到的問題，幾乎別人都遇到過，所以，google一下，或者bing一下錯誤，看一下別人同樣的問題是如何解決的，google幾乎可以找到所有的報錯內容。但是你最好要學會搜尋，不要把好幾頁的錯誤內容都去google，要學會使用關鍵字，至於如何使用個關鍵字搜尋，這個你自己google一下吧。
3、控制單因素變數測試
如果以上方法都試了，還是找不到錯誤，就嘗試控制單因素變數，進行測試。例如有這樣的**，
barplot(x,xlab=』』, ylab=「genexpression」,names.arg=c(「control」,「cold」, 「osmotic」, 「salt」, 「drought」, 「genotoxic」, 「oxidative」, 「uv-b」, 「wounding」,「heat」),col = c(brewer.pal(9,「blues」)[1],brewer.pal(9,「blues」)[2],brewer.pal(9,「blues」)[3],brewer.pal(9,「blues」)[4],brewer.pal(9,「blues」)[5],brewer.pal(9,「blues」)[6],brewer.pal(9,「blues」)[7],brewer.pal(9,「blues」)[8],brewer.pal(9,「blues」)[9]),cex.axis=1.5,cex.names=1.5,legend.text= c(「0 hour」, 「after 0.25 hour」, 「after 0.5 hour」, 「after 1 hour」, 「after 3 hours」, 「after 4 hours」, 「after 6 hours」, 「after 12 hours」, 「after 24 hours」
),args.legend =list(x = 「right」,cex=1),beside=true)
abline(h=0)
上面是一條很長的繪圖函式。一次執行會出錯，那麼怎麼辦呢。這個時候就一點點篩選，到底是哪個地方出現了問題。
首先barplot（x)
如果沒有問題，在一點點加選項，直到找到出錯的地方為止，就是這樣。而不是全部**中去查詢。
4、擷取部分資料測試
如果感覺資料有問題，就換另外的小資料測試一下，或者擷取部分進行測試。比如人基因組很大的資料，如果執行程式出錯了，可以用head命令每個擷取一部分進行測試。
總結以上只是我個人的一些總結，實際過程中，軟體的錯誤是千變萬化，五花八門的。這個還需要自己多去實踐，嘗試學會自己解決問題，因為，你每解決乙個問題，就是一次很大的提高，每個人都是這麼走過來的，唐僧也是需要經歷九九八十一難才成佛的。
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