1、檔案：
程序和檔案都可以組織成樹狀結構，但有許多不同之處。程序樹的層次一般都不會很深（很少超過三層），而檔案層次常多達四層、五層或更多。程序樹的層次結構是暫時性的，通常最多存在幾分鐘，而目錄層次則可能長達數年之久。程序和檔案在屬主及保護方面也是有區別的。典型地，只有父程序可以控制和訪問子程序，而對於檔案和目錄則通常存在一種機制使屬主以外的其他使用者也可以訪問該檔案。
目錄層次結構中的每乙個檔案都可以用乙個從根目錄開始的路徑名來確定，這種絕對路徑名中包含了從根目錄到該檔案的所有中間目錄，相互之間由正斜槓隔開。在圖1－6中，檔案cs101的路徑名是/facaulty/prof.brown/courses/cs101。起始的正斜槓表示這是乙個從根目錄起始的絕對路徑。
程序在任一時刻都有乙個當前工作目錄，非正斜槓起始的路徑名均在此目錄開始搜尋。程序可以通過系統呼叫改變當前工作目錄。
minix中的檔案和目錄通過乙個9位元的保護碼來進行保護。 保護碼分成三個3位元的域，分別對應著檔案主、同組使用者和其他使用者。每個域有一位標識讀許可權，一位標識寫許可權，一位標識執行許可權。如保護碼rwxr-x--x表示：檔案主可以讀、寫、執行；同組使用者可以讀和執行，不能寫；其他使用者只能執行，不能讀寫。對目錄來說，x表示搜尋許可權，短橫表示不具備相應許可權。
在檔案讀寫之前，首先要將其開啟，執行開啟操作時將檢查其訪問許可權， 若訪問許可權許可，系統將返回乙個小的整數，稱作檔案描述符，供後續操作使用； 若訪問許可權不夠則返回乙個錯誤碼。
程序和檔案都相關的管道（pipe）。 管道是一種用來連線兩個程序的虛擬檔案，如圖1－8所示。當程序a欲向程序b傳送資料時，它把管道檔案視作輸出檔案，向其中寫資料，程序b則可將管道檔案視作輸入檔案，從中讀資料。於是，minix中的程序間通訊很象普通檔案的讀寫。乙個程序判斷其輸出是普通檔案還是管道的唯一方法是呼叫一條特殊的系統呼叫。
2、外殼：
shell
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