解壓序列檔案
gzip -d *.gz
重新命名fq檔案為fastq
rename 's/fq/fastq/' *.fq
rename 's/\.1\.fq/\_r1\.fastq/' *.fq
rename 's/\.2\.fq/\_r2\.fastq/' *.fq
rename 's/raw\.split\.//' *.fastq
拼接序列
usearch -fastq_mergepairs *r1*.fastq -relabel @ -fastq_maxdiffs 10 \
-fastq_pctid 80 -fastqout merged.fq
刪除引物和barcode序列
usearch -fastx_truncate merged.fq -stripleft 26 -stripright 27 -fastqout stripped.fq
訓練集小寫轉成大寫
cat trainset16_022016.pds.fasta | tr a-z a-z >trainset16.fasta
將互補連同一方向到同一條鏈（its序列用unite99作為參考序列）
usearch -orient stripped.fq -db /home/kxf/documents/database/trainset16.fasta -fastqout orient.fq #細菌甲烷菌
質量控制並刪除質量資訊（設定maximum expected error為1）
usearch -fastq_filter orient.fq -fastq_maxee 1.0 -fastaout filtered.fa
去除嵌合體
usearch -uchime2_ref filtered.fa -db /home/kxf/documents/database/trainset16.fasta -uchimeout out.txt -strand plus -mode sensitive #細菌甲烷菌原蟲
usearch -uchime2_ref filtered.fa -db reference=/home/kxf/documents/database/unitev6_sh_97_s.fasta -uchimeout out.txt -strand plus -mode sensitive #真菌
vsearch -uchime_ref filtered.fa -nonchimeras outvsearch.fa -db /home/kxf/documents/database/silva_132_ssuref_nr99_tax_silva.fasta
檢視序列長度分度
usearch -fastq_eestats2 stripped.fq -output eestats2.txt -length_cutoffs 100,300,10
mothur > summary.seqs(fasta=outvsearch.fa,processors=88)
序列修剪到相同長度（配對its不需要修剪）
usearch -fastx_truncate outvsearch.fa -trunclen 250 -fastaout reads250.fa
mothur > screen.seqs(fasta=outvsearch.fa,start=95%value,end=5%value, maxhomop=10)
序列去冗餘
usearch -fastx_uniques outvsearch.good.fa -minuniquesize 8 -fastaout uniques.fasta -sizeout -relabel uniq # mothur 修剪
usearch -fastx_uniques reads250.fa -minuniquesize 4 -fastaout uniques.fasta -sizeout -relabel uniq
刪除數量少的序列
usearch -sortbysize uniques.fasta -fastaout uniques.fasta -minsize 2
聚成otu
usearch -cluster_otus uniques.fasta -otus otus.fa -relabel otu
生成otu表(輸入檔案要用未去冗餘的序列)
usearch -otutab filtered.fa -otus otus.fa -mothur_shared_out otutab.txt -mapout map.txt #mothur
usearch -otutab reads250.fa -otus otus.fa -otutabout otutab.txt -mapout map.txt
多樣性指數
otu的樹檔案
計算距離矩陣
usearch -calc_distmx otus.fa -tabbedout mx.txt -maxdist 0.2 -termdist 0.3
利用距離矩陣生成tree檔案
usearch -cluster_aggd mx.txt -treeout clusters.tree -clusterout clusters.txt \
-id 0.80 -linkage min
注釋資訊
mothur >classify.seqs(fasta=otus.fa, reference=/home/kxf/documents/database/silva.nr_v132.align, taxonomy=/home/kxf/documents/database/silva.nr_v132.tax, cutoff=60, processors=88) #細菌，原蟲
mothur >classify.seqs(fasta=otus.fa, reference=/home/kxf/documents/database/rim_db_14_07.fasta, taxonomy=/home/kxf/documents/database/rim_db_14_07_c.txt, processors=88) #產甲烷菌
mothur >classify.seqs(fasta=otus.fa, reference=/home/kxf/documents/database/unitev6_sh_97_s.fasta, taxonomy=/home/kxf/documents/database/unitev6_sh_97_s.tax, processors=88) #真菌its
稀釋性曲線
rarefaction.single(shared=otutab.txt)
計算α多樣性指數
usearch -alpha_div otutab.txt -output alpha.txt #32位不夠
summary.single(shared=current)
計算β多樣性指數
dist.shared(shared=current, calc=thetayc-jclass-braycurtis)
count.seqs(shared=current)
unifrac.unweighted(tree=clusters.tree, count=current, distance=lt, processors=88, random=f)
unifrac.weighted(tree=clusters.tree, count=current, distance=lt, processors=88, random=f)
pcoa(phylip=clusters.tree1.unweighted.phylip.dist)
pcoa(phylip=clusters.tree1.weighted.phylip.dist)
pcoa(phylip=otutab.braycurtis.usearch.lt.dist)
pcoa(phylip=otutab.jclass.usearch.lt.dist)
pcoa(phylip=otutab.thetayc.usearch.lt.dist)
system(rm -f *.rabund)
system(mv *.dist *.loadings *.axes -t result/pcoa/)
system(mv *.tree otus.fa *.rarefaction otutab.txt otutab.usearch.count_table otutab.groups.summary *.taxonomy otutab.groups.rarefaction -t result/)
建立帶注釋資訊的otu表
create.database(shared=otutab.txt,constaxonomy=otus.nr_v132.wang.taxonomy, repfasta=otus.fa,count=otutab.usearch.count_table)
利用mysql生成UUID
在日常的開發環境中，我們經常使用uuid來當做主鍵，一般我們使用的都是現成的工具類，但其實mysql就可以生成uuid。mysql生成uuid是使用的uuid 函式，如下圖 但是生成的這個uuid中間是有 隔開的，我們一般是不要的，所以需要將 去掉。這裡我們使用replace 函式來實現去掉 這樣，...
利用certbot auto生成證書
cd mnt runtime mkdir certbot auto wget chmod a x certbot auto certbot auto certonly d domain.com manual preferred challenges dns 01 server 登入網域名稱控制台，按...
利用XML生成Excel
先用excel將我們要生成的 設計好 然後另存為xml 將生成的book1.xml複製到專案中並開啟 找到table節點，將節點的ss expandedrowcount 2 刪除掉 往下會看到我們剛輸入的標題了吧 row cell ss styleid s23 data ss type string...