Ubuntu下MPI集群環境的搭建

我們要並行地跑mpi程式，需要將幾台計算機連在一塊，搭建成乙個集群，使得相互之間的訊息傳遞沒有阻礙，下面以ubuntu系統為例，談mpi集群環境的搭建過程。

ubuntu和mpich的安裝

安裝ssh，設定ssh免密登入

設定ssh免密登入的基本原理就是在我們系統的~/.ssh/資料夾下生成乙個公鑰檔案id_rsa.pub，以及利用公鑰檔案（自己的和別人的），做成乙個私鑰檔案authorized_keys，散發給每個使用者。所謂的公鑰，相當於自家系統的乙個身份標識，是公開的。所謂的私鑰，相當於乙個認證檔案，本質上書寫了允許哪些機器對你進行免密訪問。簡單一點理解，當別人訪問你時，你得拿出你的私鑰，看看別人的公鑰是不是寫在你的私鑰中，如果是，那麼它就可以免密登入。反之，當你訪問別人時，你得拿出你的公鑰，看看是不是獲得了別人的認可。事實上，這個過程還比較曲折，如下圖所示（以a登入b為例）：

具體操作如下：

192.168.36.145 node1 192.168.36.146 node2

cat file1 >> file2，這個命令，是說，把 file1 的內容拿出來，放到 file2裡面，如果file2存在，就加到其末尾；如果不存在，就建立。

cat ~/.ssh/id_rsa.pub.node2 >> ~/.ssh/authorized_keys//公鑰加入到認證檔案 
scp authorized_keys 節點2賬戶名@node2:~/.ssh/authorized_keys//將認證檔案傳回每個子節點

這步如果發現搞錯了，比如別人傳過來的公鑰檔案忘記重新命名，把自己的覆蓋了，而自己的還沒來得及備份，可以刪光了.ssh下的檔案重新做這一步。不需要重新安裝ssh，注意使用ssh-add命令。

設定ssh免密登入可以免去操作中密碼的輸入，避免在命令執行時，因密碼問題造成的通訊障礙。上面是用rsa演算法的公鑰/私鑰對，當然也可以用dsa(對應的檔案是id_dsa，id_dsa.pub)。

設定nfs共享目錄

在執行mpi程式的過程中，我們需要在每個節點上將.c檔案進行編譯鏈結成可執行.o檔案，在這之後，才能在主節點上開啟執行mpi並行程式。這個過程中，首先需要保證每個節點在相同目錄中都生成可執行檔案，我們可以在每個節點上單獨編譯，該操作方式比較繁瑣，為解決該問題，我們可以採用建立共享目錄的方案。所謂的共享目錄，就是設定乙個相同路徑的目錄，任意節點在該目錄下新增檔案、刪除檔案等，都會同步到其他節點上。具體操作如下：

sudo apt-get install nfs-kernel-server sudo apt-get install portmap或者rpcbind

/home/mpi_share 192.168.36.145(rw,sync,no_root_squash,no_subtree_check) 
/home/mpi_share 192.168.36.146(rw,sync,no_root_squash,no_subtree_check)

注意，這裡的ip位址後是沒有空格的。其中/home/mpi_share是共享目錄，ip位址是所有的客戶端（其它節點）的位址，包括本機的，後面括號中的是許可權，具體含義可上網查閱（rw即讀寫許可權）

每次節點啟動時都需重新執行掛載命令，如果想開機自動掛載：把上述指令sudo mount -t nfs 192.168.36.145:/home/mpi_share /home/mpi_share寫到/etc/rc.local檔案中。

設定nfs共享目錄是為了能在一台機器上作業，如果不執行這一步的話，需要將執行檔案和需要的資料複製到每個節點的相同位置，或者想辦法在每個節點上產生相同的檔案。

mpi程式的執行

node1:4 node2:4

如果mpiexec使用本機跑mpi**可以執行，而使用上其他節點不行，那麼大概是其他節點出問題了，比如說mpi出問題了，比如說版本問題。可以上其他節點check一下，例如，可以使用mpirun -version檢視mpi版本，盡量保持差距不是太大。言而總之，就是聯機跑程式出問題了，先用mpiexec在單擊上跑，看看行不行，不行說明單台機器上mpi出問題啦，得修。

配置過程中出錯，很有可能是前面的步驟做錯了，多乙個空格少乙個空格，甚至逗號寫成英文句點等等，都會引發不可知的錯誤。這時候，應該靜下心，回到前面去，細細的檢查一番。

Ubuntu下MPI集群環境的搭建

MPI集群環境搭建

（二）ubuntu下安裝MPI庫

linux下MPI開發環境搭建

Ubuntu下MPI集群環境的搭建

MPI集群環境搭建

（二）ubuntu下安裝MPI庫

linux下MPI開發環境搭建

相關推薦