當需要確定鏈特異性時，可如下操作，需要安裝bedops, rseqc兩個程式。
安裝bedops, rseqc
conda install bedops
conda install rseqc
將比對過程中使用的gtf檔案轉為12列的bed檔案
在bedops中有gtf2bed可以將gft轉換為12列的bed檔案。
輸入命令：
gtf2bed < mus_musculus.grcm38.93.chr.gtf > mouse.bed
其中mus_musculus.grcm38.93.chr.gtf為輸入檔名稱，mouse.bed為輸出檔名。發現會報錯如下：
error: potentially missing gene or transcript id from gtf attributes (malformed gtf at line [1]?)
原因在連線中：
該錯誤表明第一行缺少該transcript_id欄位。gene_id正如你所注意到的，它有乙個字段，但沒有transcript_id欄位。gtf 2.2規範指示此字段是必填字段，但其值可以是空字串。
解決方案我選擇第二個：
輸入命令：
awk '' mus_musculus.grcm38.93.chr.gtf > mus_musculus.grcm38.93.chr.change.gtf
然後重新執行命令：
gtf2bed < mus_musculus.grcm38.93.chr.change.gtf > mouse.bed
順利生成12列的mouse.bed檔案。
確定鏈特異性
輸入命令：
infer_experiment.py -r mouse.bed -i *.bam
結果：
結果解釋在網頁：
這個結果說this is single-end, strand specific rna-seq data. strandness of reads are concordant with strandness of reference gene.
建庫方式是fr-secondstrand。
參考：
此圖1++，1--，2+-，2-+建庫方式為： fr-secondstrand
此圖1+-，1-+，2++，2--建庫方式為： fr-firststrand
css選擇器特異性計算
翻譯自w3c 中的一段 是關於css選擇器優先順序的 計算乙個選擇器的特異性 選擇器的特異性計算如下 1.計算選擇器中id選擇器的數量 a 2.計算選擇器中class選擇器，屬性選擇器和偽類選擇器的數量 b 3.計算型別選擇器和偽元素選擇器的數量 c 4.忽視通用選擇器 連線三個數字a b c就是特...
敏感性 特異性，查準率 查全率
總結 敏感性 查全率 召回率 查全率又稱召回率 查準率即精度。準確率與之均不同，定義如下 被正確診斷的案例之和與總案例之比即為準確率。在癌症示例中，敏感性和特異性指 查準率和查全率的定義如下 從這裡可以看出，敏感性就是查全率，但特異性並不是查準率。敏感性和特異性是這個矩陣中的行。更具體地說，如果我們...
CSS選擇器優先順序（特異性）
1 行內樣式 important 2 id選擇器 id3 class 屬性 偽類選擇器 title,input type text hover4 型別和偽元素選擇器 div,before 0,0,0,0 行內樣式，id選擇器，class 屬性 偽類選擇器 型別 偽元素 權重相同，定義靠後優先 con...