在php啟動時會讀取php的配置檔案php.ini，對於伺服器模組版本的php僅在web伺服器啟動時讀取一次，而cgi和cli版本的php每次呼叫都會讀取。在php.ini檔案中可以使用環境變數，php5.1以後還可以在ini檔案中引用ini中已存在的變數。讀取php.ini檔案時，按如下順序查詢php.ini檔案：
sapi模組所指定的位置（apache2中的phpinidir指令、cgi和cli的 -c 命令列選項、nsapi中的php_ini引數、thttpd中的php_ini_path環境變數等）。
環境變數phprc，php5.2之前的順序在登錄檔鍵值之後。
php5.2起，在windows系統中，可以為不同的php版本設定不同的php.ini檔案位置，會按[hkey_local_machine\software\php\x.y.z]、[hkey_local_machine\software\php\x.y]、[hkey_local_machine\software\php\x]的順序檢查登錄檔目錄，其中x、y、z分別表示php的主版本號、次版本號和發布版本號。在任一目錄中找到的第乙個inifilepath的值作為php.ini的位置。
在windows系統中登錄檔[hkey_local_machine\software\php]中inifilepath的值。
除cli外，當前工作目錄。
sapi模式下web伺服器目錄，或者在windows下php所在目錄。
windows系統下windows系統目錄（c:\windows或c:\winnt），或者編譯時--with-config-file-path選項指定的位置。
如果存在php-.ini，則會用它來代替php.ini，其中是指當前sapi模組的名稱，比如cli，名稱為php-cli.ini。sapi的名稱可以通過函式php_sapi_name()獲取。
php5.3起支援每個目錄的.htaccess風格的ini檔案，此類檔案只可以被cgi/fastcgi sapi處理，此功能使得pecl的htscanner擴充套件作廢。如果使用apache，則用.htaccess檔案有同樣效果。除了php.ini檔案外，還會從被執行的php檔案所在目錄開始一直上公升到$_server['document_root']所指定的web根目錄掃做ini檔案。如果被執行的php檔案在web根目錄外，則只掃瞄被執行的php檔案所在的目錄。在.user.ini風格的ini檔案中只有php_ini_perdir和php_ini_user模式的ini配置能被識別。
對於.user.ini檔案，有兩個配置用於控制ini檔案的使用：
user_ini.filename：指定php在目錄中查詢的ini檔名，如果為空字串，則不會進行查詢，預設值為.user.ini。
user_ini.cache_ttl：指定重新讀取ini檔案的時間間隔，單位為秒，預設值為300（5分鐘）。
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