linux 基本命令

2021-08-04 06:37:57 字數 4153 閱讀 4287

計算字串的字元數量:$

str="***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq"


echo


$str


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq


echo


$### 31
刪除value字串中以分隔符「.」匹配的右邊字元，保留左邊字元:$或$
str2=`ls ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz`


echo


$#單次匹配


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar


echo


$#多次匹配


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim
刪除value字串中以分隔符「.」匹配的左邊字元，保留右邊字元:$或$
str2=`ls ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq


.tar


.gz`


echo $


### fastq.tar.gz


echo $


### .gz
用new子串替換str字串中匹配的old子串:$或$
str2=`ls ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz`


echo


$### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.bz


echo


$### ***-lane1|s2|l001|r1|trim.fastq.tar.gz
「*」表示萬用字元，用於匹配字串將被刪除的字串

非貪婪匹配：

貪婪匹配：

從str字串的左邊開始中擷取子串:$或$

str2=`ls ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz`


echo


$### lane1_s2


echo


$### lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz
從str字串的右邊開始中擷取子串:$或$
str2=`ls ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz`


echo


$### lane1_s2


echo


$### tar.gz
下例中，word可以為乙個字串，也可以為乙個變數。當為變數時，需要用「$」引用該變數。

var="***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz"


word="yyy"


str=""


# 1.  $：當變數未定義或者值為空時，返回值為word的內容，否則返回變數的值。


echo $


### yyy


echo $


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz


# 2.  $：當變數未定義或者值為空時，返回word的值的同時並將word賦值給value，否則返回變數的值。


echo $


### yyy


echo


$str


#此時str的值也發生了改變


### yyy


echo $


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz


# 3.  $：當變數已賦值時，其值才用word替換，否則不進行任何替換。


echo $


###     


echo $


yyy# 4.  $：當變數已賦值時，正常替換。否則將訊息message送到標準錯誤輸出（若此替換出現在shell程式中，那麼該程式將終止執行）。


echo $


### bash: str: warning


echo $


### ***-lane1_s2_l001_r1_trim.fastq.tar.gz
#


sudo yum install bedtools


rpm -q bedtools


#bedtools-2.15.0-1.el6.x86_64


rpm -qa |grep bedtools


#bedtools-2.15.0-1.el6.x86_64


rpm -ql bedtools-2.15.0-1.el6.x86_64


# /usr/bin/annotatebed


# /usr/bin/bamtobed


# /usr/bin/bed12tobed6


# /usr/bin/bedtobam


# /usr/bin/bedtoigv


# /usr/bin/bedpetobam


# /usr/bin/bedtools


# /usr/bin/closestbed


# /usr/bin/clusterbed


# /usr/bin/complementbed


# /usr/bin/coveragebed


# /usr/bin/fastafrombed


# /usr/bin/flankbed


# /usr/bin/genomecoveragebed


# /usr/bin/getoverlap


# /usr/bin/groupby


# /usr/bin/intersectbed


# /usr/bin/linksbed


# /usr/bin/maskfastafrombed


# /usr/bin/mergebed


# /usr/bin/multibamcov


# /usr/bin/multiintersectbed


# /usr/bin/nucbed


# /usr/bin/pairtobed


# /usr/bin/pairtopair


# /usr/bin/shufflebed


# /usr/bin/slopbed


# /usr/bin/sortbed


# /usr/bin/subtractbed


# /usr/bin/tagbam


# /usr/bin/unionbedgraphs


# /usr/bin/windowbed


# /usr/bin/windowmaker


# /usr/share/bedtools


# /usr/share/bedtools/data


# /usr/share/bedtools/data/knowngene.hg18.chr21.bed


# /usr/share/bedtools/data/rmsk.hg18.chr21.bed


# /usr/share/bedtools/genomes


# /usr/share/bedtools/genomes/human.hg18.genome


# /usr/share/bedtools/genomes/human.hg19.genome


# /usr/share/bedtools/genomes/mouse.mm8.genome


# /usr/share/bedtools/genomes/mouse.mm9.genome


# /usr/share/doc/bedtools-2.15.0


# /usr/share/doc/bedtools-2.15.0/license


# /usr/share/doc/bedtools-2.15.0/readme.rst


# /usr/share/doc/bedtools-2.15.0/release_history
rpm

rpm 全名是 「redhat package manager」，簡稱則為rpm。

rpm預設安裝路徑：

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