python 隨機抽取Fastq檔案

參考

最近要做乙個二代測序的模擬，所以網上找了個小指令碼，做了些注釋，希望能夠幫助大家。

from __future__ import division

import random
number_to_sample = 3000000
number_of_replicates = 10
#計算行數 
with
open("test.fastq") as input:
num_lines = sum([1
forline
in input])
# 全部reads數目
total_records = int(num_lines / 4)
print("sampling " + str(number_to_sample) + " out of " + str(total_records) + " records")
# 可以設定多個輸出檔案
output_files = 
output_sequence_sets = 
#開啟10個檔案
for i in range(number_of_replicates):
# 一次讀取4行
record_number = 0
with
open("test.fastq") as input:
for line1 in input:
line2 = input.next()
line3 = input.next()
line4 = input.next()
for i, output in enumerate(output_files):
if record_number in output_sequence_sets[i]:
output.write(line1)
output.write(line2)
output.write(line3)
output.write(line4)
record_number += 1
for output in output_files:
output.close()

隨機抽取一定比例的fastq檔案

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sql隨機抽取記錄

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