Read alignment後的質量控制

2021-07-05 15:27:01 字數 611 閱讀 1089

drop low-quality alignments: each alignment is given a quality score (mapq) which is equivalent to phred scores (with respect to determining relative quality of different alignments). you can screen for low-quality alignments when you convert from sam to bam

files using samtools view.

上面提到了丟棄低質量的比對,那麼什麼是低質量的比對,我們應該如何去判斷那?

在輸出的sam檔案中第五列mapq(被稱為比對質量的乙個值)

sam所明書上對mapq的解釋是:

那麼當我們想把sam檔案中第5列小於2的都丟棄,那麼應該怎麼做

這裡samtools為我們提供了乙個方法:

samtools view -bsq 2 file.sam > filtered.bam

-q int skip alignments with mapq smaller than int [0]

70後 80後 90後的區別

工作狂基本上都是70後的。80後拒絕加班!90後拒絕上班!2 70後喜歡穿七匹狼或者猛龍牌子的衣服。80後喜歡g star之類的。90後乞丐服,越花越好,越破越好。乙個洞時尚,兩個洞潮流,三個洞個性。3 70後唱k的時候只會 例如2002年的第一場雪,然後就拼命拉著你喝酒,不讓你唱。mic霸一般是8...

70後 80後 90後的離奇區別

1 70後 工作狂基本上都是70後的。80後 而我們,拒絕加班!90後 拒絕上班!2 70後 他們喜歡穿七匹狼或者猛龍牌子的衣服。80後 我們喜歡g star之類的。90後 乞丐服,越花越好,越破越好.乙個洞時尚,兩個洞潮流,三個洞個性.3 70後 他們唱k的時候只會亂吼 例如2002年的第一場雪,...

70後 80後 90後的離奇區別

1 70後 工作狂基本上都是70後的。80後 而我們,拒絕加班!90後 拒絕上班!2 70後 他們喜歡穿七匹狼或者猛龍牌子的衣服。80後 我們喜歡g star之類的。90後 乞丐服,越花越好,越破越好.乙個洞時尚,兩個洞潮流,三個洞個性 3 廣告 70後 他們唱k的時候只會亂吼 例如2002年的第一...