一直關注和學習「原生態」博主的《 amber學習第一天:模擬dna的片段》中的入門方法,有些問題需要同大家交流:
用sander執行最小化:
在工作目錄下終端輸入:sander -o -i polyat_vac_init_min.in -o polyat_vac_init_min.out -c polyat_vac.inpcrd -p polyat_vac.prmtop -r polyat_vac_init_min.rst&
輸入檔案:polyat_vac_init_min.in, polyat_vac.inpcrd, polyat_vac.prmtop
輸出檔案: polyat_vac_init_min.out, polyat_vac_init_min.rst
問題是,我在這一步一直沒有產生檔案polyat_vac_init_min.rst,這樣後面的命令就一直存在問題,不知道大家是否有同樣的問題。
歡迎交流。
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