對於linux學習,首先是要去視覺化操作,如開啟檔案,進入目錄,複製,重新命名等,這些在windows系統中,點點滑鼠就能解決問題,到了linux系統中都是需要用命名來操作的。當然,linux也出了桌面版本的,這些基本操作也能夠通過滑鼠完成,但對於做生物資訊的資料分析而言,我們使用的linux伺服器,而linux伺服器系統,則是沒有桌面版本的,到頭來還是得學學基礎命令。
有些人,剛開始看到linux介面和linux命令時,就會被「嚇唬」住,其實也沒有你想象中的那麼難。熟練的生信工作者,也是多操作多練習的,唯手熟爾。
對於shell的命令,基本的有:cd, mkdir, cp, less, more,cat, sort, mv, ls , grep , sed, head , tail, top, htop, pwd, rm, vi, tar, gunzip, tar, wc,uniq;這些都是在linux系統上基礎的操作命令,對於以上基礎命令的基本引數和用法,既要非常熟悉,也要非常熟練的在linux系統上操作的。
但是對於這些命令,其實還有很多非常實用的組合用法,
我將會在自己學習和實踐操作過程中,學習到的一些命令記錄到此,以供自己溫習,以及關注我的人也可以學習相應的一些小技巧,節省搜尋總結的時間。
如下:現有a.txt,b.txt 兩個檔案,
檢視:可以用cat,more ,less
$more a.txt
a
b
c
d
現在要分別找出這兩個檔案中相同的行和不相同的行:$more b.txt
a
b
1
2
a中有,b中無的行:
$ cat a.txt b.txt b.txt | sort | uniq -u
結果:
a,b中都有的行:c
d
cat a.txt b.txt | sort | uniq -d
結果:
對於這個組合命令,很實用於行處理操作,對於生信中的資料,可以首先處理成行,例如對於fasta格式的檔案,可以首先先將每乙個序列處理成同一行,然後再進行行處理刪除相同或不相同的行即可。a
b
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