misa工具提供批量識別和定位簡單重複序列(ssr)，est序列或是基因組序列都可以。另外，還提供乙個與批量設計引物primer3的介面工具，通過這個工具，可以把misa識別出來的ssr，轉為primer3需要的格式，從而方便批量設計引物。
**：下面分別介紹一下幾個工具(.pl是perl檔案的字尾名)：
1.cd_hit_est 對est序列進行冗餘查詢，利用cd_hit軟體聚類，快速批量去除冗餘序列
2.est_trimmer.pl
這是對est序列而言的，可以去除est序列中短的序列和兩端不明確的鹼基。
用法（例子）：perl est_trimmer.pl ests -amb=2,50 -tr5=t,5,50 -tr3=a,5,50 -cut=100,10000
3.misa.pl
用法：perl misa.pl
(注:<>要去掉。下同)
fastafile是放序列的乙個檔名，全路徑，注意不要有中文名或空格。fasta格式。
另外配套一起的還有乙個檔案misa.ini，這是乙個配置檔案，設定識別ssr標記的標準。
4.primer3 的介面工具
p3_in.pl - 建立 primer3的輸入檔案。
用法：perl p3_in.pl
p3_out.pl - 解析primer3設計引物後的輸出檔案。
用法：p3_out.pl
注：fastafile.misa檔案是misa的輸出檔案
fastafile.p3out是primer3的輸出檔案
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