awk 抓取檔案子集

有乙個檔案我只想要裡面的部分樣本資料，檔案結構如下：

$head -1genus.xls

otu id    a1    a2    a3    m15b1    m15b2    m15b3    m15c1    m15c2    m15c3    m15d1    m15d2    m15d3    m15e1    m15e2    m15e3    m27b1    m27b2    m27b3    m27c1    m27c2    m27c3    m27d1    m27dm27d3    m27e1    m27e2    m27e3    r15b1    r15b2    r15b3    r15c1    r15c2    r15c3    r15d1    r15d2    r15d3    r15e1    r15e2    r15e3    r27b1    r27b2    r27b3    r27c1    r27c2    r27c3    r27d1    r27dr27d3    r27e1    r27e2    r27e3
0319-6g20_norank    17    22    21    44    24    24    6    15    34    17    18    7    55    29    32    46    78    61    13    2    27  37    61    72    55    146    196    26    24    19    17    16    4    77    45    27    58    47    36    48    37    141    13    28    10  38    87    61    62    83    119

要抓取的樣本名：

$cat group.list 

m15b1
m15b2
m15b3
m27b1
m27b2
m27b3 
r15b1
r15b2 
r15b3
r27b1 
r27b2
r27b3

awk實現：

$awk -f "\t"

'nr==fnrnr>fnr}printf $1;for(i=1;i<=length(b);i++)print""}elseprint""}}
' group.list genus.xls >select.txt

部分結果展示：

$head select.txt

otu id    m15b1    m15b2    m15b3    m27b1    m27b2    r15b1    r15b3    r27b2    r27b3
0319-6g20_norank    44    24    24    46    78    26    19    37    1410319-6m6_norank    1    0    0    0    0    10    0    0
1921-2_norank    0    0    1    0    0    1    0    10
1921-3_norank    2    4    1    0    2    1    1    0    2
1959-1_norank    16    13    27    19    11    16    24    17    19
480-2_norank    57    41    84    52    51    40    45    39    52abs-19_norank    2    1    1    0    1    0    1    2    1akiw1012_norank    0    0    0    0    0    0    0    0    0
akyh478_norank    0    0    0    0    0    0    0    0    0

處理過程是  先根據要挑選的樣本名索取在檔案第一行對應樣本名的下標   然後根據樣本下標提取每行資訊

awk print

預設在字元後面加換行符 printf 可以去除這個效果
讀取多行檔案

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這段時間多虧大家的幫助，利用awk命令解決了很多問題，在此也總結自己實際運用到的問題，方便其他童鞋一起學習shell。如果兩個檔案行數相同，只是希望逐行合併 方法一 paste d t file 1 file 2 複製 方法二 awk nr fnrnr fnr file 1 file 2 複製 方法...

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