primer3批量設計引物

2022-07-23 09:54:19 字數 2840 閱讀 4783

核心程式呼叫 primer3_core,基本用法:

primer3_core[-format_output][-default_version=1|-default_vers

ion=2][-io_version=3|-io_version=4][-p3_settings_file=][-

echo_settings_file][-strict_tags][-output=][-error=][i

nput_file]

引數簡析:

*-format_output讓primer3_core產生人類易讀的結果,否則產生機器易讀的結果。

-default_version=n預設設定為n=2,讓primer3使用最新的預設設定;n=1則讓程式

使用2.23或之前版本的設定

-io_version=nn=3時,軟體向低版本相容;n=4是預設設定,能使用2.0版本和以後版本

一些新功能。

-p3_settings_file=file_path指定primer_core的設定檔案,該設定檔案的設定取

代預設設定。當然,input file的設定也能取代這個檔案的設定。

-echo_settings_file列印出p3_settings_file中的設定資訊。如果沒有指定設定文

件,或含有-format_output,則該引數失效

-strict_tags要求嚴格的標籤。如果設定檔案中的標籤不能被機器識別,則產生重大錯誤。

-error=file_path指定錯誤資訊輸出路徑,如果不指定,則輸出到stderr中。

*-output=file_path指定輸出檔案路徑,如果不指定,則輸出到標準輸出。

*input_file配置檔案

配置檔案設定

即為boulder-io格式的,每乙個引物設計的記錄的結尾以「=\n」進行分隔。

sequence_id=example.       #序列名字  

sequence_template=    #序列模版鏈,方向5』-3『

sequence_included_region= (start),(length) ##從第strat起,到後面length長度序列中設計引物

sequence_target=(start),(length) ##從第strat起,到後面length長度序列為擴增目的片段,引物設計在這兩側

sequence_excluded_region=(start),(length)。  ##設計引物避開此區域

sequence_primer_pair_ok_region_list。  ##sequence_primer_pair_ok_region_list=100,50,300,50;900,60,,;,,930,100

表明有引物設計有三種選擇:

左引物在100~150bp區間進行設計,右引物在300~350bp的區間進行設計;

左引物在900~960bp區間進行設計,右引物隨意;

右引物在930~1030bp區間進行設計,左引物隨意。

sequence_overlap_junction_list   ##指定引物在此位置要有重疊。

primer_task=generic     

primer_num_return=1000    ##引物最大返回數量

primer_dna_conc=500  

primer_dntp_conc=0.8

primer_salt_corrections=1

primer_salt_monovalent=50

primer_salt_divalent=1.5

primer_max_end_gc=2  

primer_min_gc=35

primer_max_gc=65

primer_min_tm=58

primer_max_tm=64

primer_opt_tm=60

primer_min_size=20

primer_max_size=26

primer_opt_size=22

primer_pair_max_diff_tm=2

primer_product_size_range=100-180  ##引物長度範圍

python3批量改名

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xutils3批量上傳檔案

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