核心程式呼叫 primer3_core,基本用法:
primer3_core[-format_output][-default_version=1|-default_vers
ion=2][-io_version=3|-io_version=4][-p3_settings_file=][-
echo_settings_file][-strict_tags][-output=][-error=][i
nput_file]
引數簡析:
*-format_output讓primer3_core產生人類易讀的結果,否則產生機器易讀的結果。
-default_version=n預設設定為n=2,讓primer3使用最新的預設設定;n=1則讓程式
使用2.23或之前版本的設定
-io_version=nn=3時,軟體向低版本相容;n=4是預設設定,能使用2.0版本和以後版本
一些新功能。
-p3_settings_file=file_path指定primer_core的設定檔案,該設定檔案的設定取
代預設設定。當然,input file的設定也能取代這個檔案的設定。
-echo_settings_file列印出p3_settings_file中的設定資訊。如果沒有指定設定文
件,或含有-format_output,則該引數失效
-strict_tags要求嚴格的標籤。如果設定檔案中的標籤不能被機器識別,則產生重大錯誤。
-error=file_path指定錯誤資訊輸出路徑,如果不指定,則輸出到stderr中。
*-output=file_path指定輸出檔案路徑,如果不指定,則輸出到標準輸出。
*input_file配置檔案
配置檔案設定
即為boulder-io格式的,每乙個引物設計的記錄的結尾以「=\n」進行分隔。
sequence_id=example. #序列名字
sequence_template= #序列模版鏈,方向5』-3『
sequence_included_region= (start),(length) ##從第strat起,到後面length長度序列中設計引物
sequence_target=(start),(length) ##從第strat起,到後面length長度序列為擴增目的片段,引物設計在這兩側
sequence_excluded_region=(start),(length)。 ##設計引物避開此區域
sequence_primer_pair_ok_region_list。 ##sequence_primer_pair_ok_region_list=100,50,300,50;900,60,,;,,930,100
表明有引物設計有三種選擇:
左引物在100~150bp區間進行設計,右引物在300~350bp的區間進行設計;
左引物在900~960bp區間進行設計,右引物隨意;
右引物在930~1030bp區間進行設計,左引物隨意。
sequence_overlap_junction_list ##指定引物在此位置要有重疊。
primer_task=generic
primer_num_return=1000 ##引物最大返回數量
primer_dna_conc=500
primer_dntp_conc=0.8
primer_salt_corrections=1
primer_salt_monovalent=50
primer_salt_divalent=1.5
primer_max_end_gc=2
primer_min_gc=35
primer_max_gc=65
primer_min_tm=58
primer_max_tm=64
primer_opt_tm=60
primer_min_size=20
primer_max_size=26
primer_opt_size=22
primer_pair_max_diff_tm=2
primer_product_size_range=100-180 ##引物長度範圍
python3批量改名
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xutils3批量上傳檔案
requestparams params new requestparams url params.addparameter file new file file 只能上傳單張,不可能上傳多張 於是採用for迴圈,還是不行後發現研究api 發現檔案需要multipart data 剛好xutil3 ...
Python3 批量修改檔名
1 下圖原檔案包含 itjc8.com 想去掉 2 python 參考 如下 created on 2019年1月29日 author yvon fajin import os os.path time defrename file,keyword file 檔案路徑 keyword 需要修改的檔案...