在學習fmri資料處理的過程中,通過其他的資料看到了別人推薦的有用的fmri資料處理軟體和小外掛程式,在此記錄一下,以便後期慢慢學習使用。
fmri資料預處理及質量控制pipeline。
處理eeg、meg資料的非gui工具,實現一些高階功能如coherence analysis。
做二次統計用,除了spm包括的那些,還允許更多功能如三因素分析和缺失資料相容。
實現各種模態醫學影象的讀取、分析、視覺化,做出非常漂亮的圖(如三檢視)。
實現xyz和ijk座標之間的互轉。
實現腦網路分析畫圖,功能據說筆brainnet viewer強大。
實現腦網路分析結果圖繪製。
根據fmri資料進行constrained normalized cut clustering,分不同的roi,有分好的模板。
使用簡單指令,利用spm進行馬賽克圖製作,功能多;可疊加各種overlay換各種顏色。
可以對功能像資料進行時間序列檢查。
可以做格式轉換、資料質量評估、roi、tractography等。
做影象相關實驗時,調整影象灰度對比度。
meta-analysis軟體,可以在tal或者mni座標下進行分析。
一種資料驅動的方法,可找出group內大家活動一直的voxel,也可以組間比較。
可以模擬task fmri資料。
可以對fmri資料進行3d平滑,可以避免平滑造成的區域性資訊嚴重丟失的情況。
1. spm任務態fmri資料分析培訓,張寒
2. 功能磁共振成像(fmri)計算,張寒
Python資料分析常用工具
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