configure: error: cannot find mysql header files under /usr/include/mysql.這段**的意思就是找不到：mysql header filesnote that the mysql client library is not bundled anymore!
原因：估計多半是64位的問題，在64位上裝軟體遇到的問題，很多時候都是因為庫路徑的問題，按dongboemil應該是可以解決的。要麼php指定預配置引數mysql的庫路徑，要麼就是把mysql的庫複製或軟鏈結到php預設尋找的目錄。因為mysql時rpm裝的按系統路徑來的。
解決辦法；
--with-mysql=/usr/include/mysql，這個引數應該不對，
把它改為
--with-mysql
或--with-mysql=/usr
！！每次重新配置時先進行make clean再重新預配置進行編譯。
第二個錯誤就有意思了，第二個錯誤就是找不同。
請問者兩個路徑有什麼不同？？？？？？
你是不是認為都一樣？其實也對這兩個路徑表面長得確實一樣。
但是！在第乙個路徑中能找到apache2.4，而在第二個路徑中卻找不到apache2.4，這個原因我暫時也不明確，但是這兩段「不同」的路徑的來處我可以說明一下，第一段能找到apache2.4的路徑是我在make && make install 的時候在過程中會出現這個路徑，第乙個就是在make install的時候複製的。第二個就是自己打的了。
如果你出現了找不到apache2.4這個檔案的時候可以嘗試換一下路徑的方式在找一下，說不定會有意外收穫。
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