u盤檔案系統主要有fat32、ntfs兩種
● fat32檔案系統
fat32使用4個位元組（也就是32位）的空間來表示每個扇區(sector)配置檔案的情形，故稱之為fat32。fat16的分割槽容量上限是2047mb，而fat32的分割槽容量下限是512mb，不同作業系統的上限不同，例如win2000最大支援32gb fat32分割槽，而winxp最大可達2tb fat32分割槽。
fat32相比fat16，優點如下：
可支援大於2gb的分割槽。最大可達2tb，即便是目前最大容量的硬碟都能支援，更別說u盤了； 空間利用率更高。fat32採用了更小的簇，可以更有效率的儲存資料，比如兩個分割槽大小都為2gb，乙個分割槽採用了fat16檔案系統，另乙個分割槽採用了fat32檔案系統。採用fat16的分割槽的簇大小為32kb，而fat32分割槽的簇只有4kb的大小。這樣在儲存碎檔案時fat32就比fat16的儲存效率要高很多，通常情況下可以提高15%。 安全新更好。fat32檔案系統可以重新定位根目錄和使用備份副本。另外fat32分割槽的啟動記錄被包含在乙個含有關鍵資料的結構中，減少了計算機系統崩潰的可能性。 靈活性更高。fat32分割槽上的根資料夾是普通的簇鏈，因此它可以位於驅動器上的任何位置。以前對根資料夾數量的限制不復存在。此外，可以禁用檔案分配表映象，這樣就可以讓檔案分配表的副本而不是讓第乙個檔案分配表處於活動狀態。這些功能允許您動態重調fat32分割槽的大小。不過要注意，雖然fat32的設計允許這一功能，但微軟自己的分割槽軟體不支援此功能，需要使用第三方分割槽軟體。
使用fat32格式化2gb u盤，簇更小
● fat32的缺點
● ntfs檔案系統
ntfs(new technology file system)是windows nt核心和高階伺服器網路作業系統環境的檔案系統。ntfs的目標是提供比fat32更高的可靠性，並消除fat檔案系統中的種種限制。
ntfs檔案系統除了支援更大的分割槽、更大的檔案、更節約硬碟空間外，還提供了fat檔案系統不敢想像的眾多功能。主要有：長檔名、壓縮分割槽、事件追蹤、檔案索引、高容錯性、資料保護和恢復、加密訪問……
ntfs支援大於4gb的檔案
由於ntfs分割槽已經成為目前電腦磁碟的絕對主流格式，xp、vista、win7預設都會將分割槽格式化為ntfs系統，因此關於ntfs的種種優勢和特性就沒必要多做強調了，可以說ntfs是目前最好的磁碟檔案系統，但為什麼u盤和各種儲存卡很少使用ntfs檔案系統呢？
● ntfs在快閃儲存器上的缺陷
ntfs雖然有諸多優點，但這些都是針對傳統機械硬碟而設計的，對於新興的flash快閃儲存器材料不一定適用。ntfs分割槽是採用「日誌式」的檔案系統，因為要記錄磁碟的詳細讀寫操作，對u盤這種快快閃儲存器儲介質會造成較大的負擔，比如同樣訪問乙個檔案或目錄，在ntfs系統上的讀寫次數就會比fat32來得多，理論上ntfs格式的u盤比較容易損壞，而且400mb以下的分割槽也比fat16更浪費空間。
ntfs這些額外的功能無論對ssd硬碟和u盤都會造成不同程度的傷害，因此新一代windows 7作業系統專門針對ssd進行優化，通過各種手段減少讀寫次數和碎片的產生。而對於神州u盤來說，本身usb的頻寬就有限，ntfs檔案系統頻繁讀寫佔據通道會讓磁碟效能降低，為此微軟專門針對移動儲存裝置開發了exfat檔案系統。
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