職能型組織結構是目前最普遍的專案組織形式。它是乙個標準的金字塔型組織形式，見圖
職能型組織結構是一種常規的線型組織結構。採用這種組織結構時，專案是以部門為主體來承擔專案的，乙個專案由乙個或者多個部門承擔，乙個部門也可能承擔多個專案，有部門經理也有專案經理，所以專案成員有兩個負責人。這個組織結構適用於主要由乙個部門完成的專案或技術比較成熟的專案。
職能型組織結構優點如下：
以職能部門作為承擔專案任務的主體，可以充分發揮職能部門的資源集中優勢，有利於保障專案需要資源的供給和專案可交付成果的質量，在人員的使用上具有較大的靈活性
職能部門內部的技術專家可以被該部門承擔的不同專案共享，節約人力，減少了資源浪費
同一職能部門內部的專業人員便於交流、相互支援，對創造性地解決技術問題很有幫助。同部門的專業人員易於交流知識和經驗，專案成員在事業上具有連續性和保障性
當專案成員調離專案或者離開公司，所屬職能部門可以增派人員，保持專案技術的連續性
專案成員可以將完成專案和完成本部門的職能工作融為一體，可以減少因專案的臨時性給專案成員帶來的不確定性。
職能型組織結構的缺點如下：
客戶利益和職能部門的利益經常發生衝突，職能部門會為本部門的利益而忽視客戶的需求，只集中於本職能部門的活動，專案及客戶的利益往往得不到優先考慮
當專案需要多個職能部門共同完成，或者乙個職能部門內部有多個專案需要完成時，資源的平衡就會出現問題
當專案需要由多個部門共同完成時，權力分割不利於各職能部門之間的溝通交流、團結協作。專案經理沒有足夠的權力控制專案的進展
專案成員在行政上扔隸屬於各職能部門的領導，專案經理對專案成員沒有完全的權利，專案經理需要不斷地同職能部門進行有效的溝通，以消除專案成員的顧慮。當小組成員對部門經理和專案經理都要負責時，專案團隊的管理經常是複雜的。對這種雙重報告關係的有效管理常常是專案最重要的成功因素，而且通常是專案經理的責任
專案型組織結構中的部門完全是按照專案進行設定，是一種單目標的垂直組織方式。見圖
在專案型組織結構中，專案經理有足夠的權力控制專案的資源。專案成員向唯一領導匯報。這種組織結構適用於開拓性等風險比較大的專案或進度、成本、質量等指標有嚴格要求的專案，不適合人才匱乏或規模小的企業。
專案型組織結構的優點如下：
專案經理對專案可以全權負責，可以根據專案需要隨意調動專案的內部資源或者外部資源
專案型組織的目標單一，完全以專案為中心安排工作，決策的速度得以加快，能夠對客戶的要求作出及時響應，專案組團隊精神得以充分發揮，有利於專案的順利完成
專案經理對專案成員有全部權利，專案成員只對專案經理負責，避免了職能型專案組織下專案成員處於多重領導、無所適從的局面，專案經理是專案真正、唯一的領導者
組織結構簡單，易於操作。專案成員直接屬於同一部門，彼此之間的溝通交流簡潔、快速，提高了溝通效率，同時加快了決策速度
專案型組織結構的缺點如下：
對於每乙個專案型組織，資源不能共享，即使某個專案的專用資源閒置，也無法應用於另外乙個同時進行的類似專案，人員、設施、裝置重複配置會造成一定程度的資源浪費
公司裡各個獨立的專案型組織處於相對封閉的環境之中，公司的巨集觀政策、方針很難做到完全、真正的貫徹實施，可能會影響公司的長遠發展
在專案完成以後，專案型組織中的專案成員或者被派到另乙個專案中去，或者被解雇，對於專案成員來說，缺乏一種事業上的連續性和安全感
專案之間處於一種條塊分隔狀態，專案之間缺乏資訊交流，不同的專案組很難共享知識和經驗，專案成員的工作會出現忙閒不均的現象
矩陣型組織結構是職能型組織結構和專案型組織結構的混合體，既具有職能型組織的特徵，又具有專案型組織結構的特徵，如圖
它是根據專案的需要，從不同的部門中選擇合適的專案人員組成乙個臨時專案組，專案結束之後，這個專案組也就解散了，然後各個成員回到各自原來的部門，團隊的成員需要向不同的經理匯報工作。這種組織結構的關鍵是專案經理需要具備好的談判和溝通技能，專案經理與職能經理之間建立友好的工作關係。專案成員需要適應於兩個上司協調工作。加強橫向聯結，充分整合資源，實現資訊共享，提高反應速度等方面的優勢恰恰符合當前的形勢要求。這種組織結構適用於管理規範、分工明確的公司或者跨職能部門的專案。
矩陣型組織結構的優點如下：
專職的專案經理負責整個專案，以專案為中心，能迅速解決問題。在最短的時間內調配人才，組成乙個團隊，把不同職能的人才集中在一起
多個專案可以共享各個職能部門的資源。在矩陣管理中，人力資源得到了更有效的利用，減少了人員冗餘
既有利於專案目標的實現，也有利於公司目標方針的貫徹
專案成員的顧慮減少了，因為專案成員後，他們仍然可以回到原來的職能部門，不用擔心被解散，而且他們能有更多機會接觸自己企業的不同部門
矩陣型組織結構的缺點如下：
容易引起職能經理和專案經理權力的衝突
資源共享可能引起專案之間的衝突
專案成員有多位領導，即員工必須要接受雙重領導，因此經常有焦慮與壓力
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