雖然現在能在linux系統下生存，但是自覺效率太低，和高手有很大的差距。
這就是關於linux的知識太過匱乏，有很多事情知道該怎麼做，但是就是沒法在linux下實現，為了提公升工作效率，必須要接觸linux高階技巧
linux的東西比較深，沒法一下學完，所以只要能掌握生信必備的基礎就好了。
一些主要的流程都是用perl或python生成shell指令碼來執行的，所以直接看別人生成的shell指令碼，能看懂裡面每一行語句就好。
echo **********start at : `date` **********
所有unix命令,要取結果或輸出，都要用$( )或反引號` `。參見：shell裡的` ` $( ) $ expr $(( ))
所以反引號`命令`就等價於命令輸出的字串
echo **********end at : `date` ********** && \
&& 只有前面的每一條命令都順利執行完（沒有報錯），才可以執行後面一句。如果沒有&&，那每一條命令都是獨立的，都會執行完。
同理||，只有在左邊的命令返回假，右邊的命令才會執行，如果左邊的順利執行，則右邊的不執行
參見：shell 中 &&和||的方法
lizhixin@login-25-3[22:47:39]:shizhuoxing$ l
-bash: l: command not found
lizhixin@login-25-3[23:01:38]:shizhuoxing$ l || echo
"hello
"-bash: l: command not found
hello
lizhixin@login-25-3[23:02:08]:shizhuoxing$ ls || echo
"hello
"arrow.
sh bin figure idrm lottery nifty_svm pacbio prosplign sparc.sh
lizhixin@login-25-3[23:02:21]:shizhuoxing$ l && echo
"hello
"-bash: l: command not found
lizhixin@login-25-3[23:02:38]:shizhuoxing$ ls && echo
"hello
"arrow.
sh bin figure idrm lottery nifty_svm pacbio prosplign sparc.sh
hello
lizhixin@login-25-3[23:02:45]:shizhuoxing$
echo still_waters_run_deep 1>&2 && \
參見：shell 1>&2 2>&1 &>filename重定向的含義和區別
0是標準輸入，1是標準輸出，2是標準錯誤
[root@redhat box]# ls a.txt b.txt 1>file.out 2>file.err
執行後,沒有任何返回值. 原因是, 返回值都重定向到相應的檔案中了,而不再前端顯示
[root@redhat box]# ls a.txt b.txt 1>file.out 2>&1
1>&2 正確返回值傳遞給2輸出通道 &2表示2輸出通道，如果此處錯寫成 1>2, 就表示把1輸出重定向到檔案2中.
& 是乙個描述符，如果1或2前不加&，會被當成乙個普通檔案。
看見很多指令碼的第一行都是source setup.sh，這是什麼意思呢？
參見：linux中source命令的用法
source命令也稱為「點命令」，也就是乙個點符號（.）。source命令通常用於重新執行剛修改的初始化檔案，使之立即生效，而不必登出並重新登入。
還有乙個另外乙個用途，在對編譯系統核心時常常需要輸入一長串的命令，可以用source簡化。
所以，source setup.sh就是自動的部署了程式執行所需的環境
sh指令碼可以加密成sh.x，參見：shell指令碼加密
它的作用是把shell指令碼轉換為乙個可執行的二進位制檔案，從而達到加密的效果
參見：shell指令碼中一些特殊符號
檔案比較運算子
-e filename 如果 filename存在，則為真 [ -e /var/log/syslog ]-d filename 如果 filename為目錄，則為真 [ -d /tmp/mydir ]
-f filename 如果 filename為常規檔案，則為真 [ -f /usr/bin/grep ]
-l filename 如果 filename為符號鏈結，則為真 [ -l /usr/bin/grep ]
-r filename 如果 filename可讀，則為真 [ -r /var/log/syslog ]
-w filename 如果 filename可寫，則為真 [ -w /var/mytmp.txt ]
-x filename 如果 filename可執行，則為真 [ -l /usr/bin/grep ]
filename1-nt filename2 如果 filename1比 filename2新，則為真 [ /tmp/install/etc/services -nt /etc/services ]
filename1-ot filename2 如果 filename1比 filename2舊，則為真 [ /boot/bzimage -ot arch/i386/boot/bzimage ]
字串比較運算子 （請注意引號的使用，這是防止空格擾亂**的好方法）
-z string 如果 string長度為零，則為真 [ -z "$myvar" ]-n string 如果 string長度非零，則為真 [ -n "$myvar" ]
string1= string2 如果 string1與 string2相同，則為真 [ "$myvar" = "one two three" ]
string1!= string2 如果 string1與 string2不同，則為真 [ "$myvar" != "one two three" ]
算術比較運算子
num1-eq num2 等於 [ 3 -eq $mynum ]num1-ne num2 不等於 [ 3 -ne $mynum ]
num1-lt num2 小於 [ 3 -lt $mynum ]
num1-le num2 小於或等於 [ 3 -le $mynum ]
num1-gt num2 大於 [ 3 -gt $mynum ]
num1-ge num2 大於或等於 [ 3 -ge $mynum ]
Shell指令碼基礎知識
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自定義shell變數時，變數有什麼規格？可以使用字母，數字，下劃線，不能以數字開頭 變數名區分大小寫 賦值時等號兩邊不要有空格 不要使用關鍵字或特殊字元，給同乙個變數多次賦值時，最後一次生效。簡述預定義變數 0 的作用？儲存當前執行的程式pid號 上乙個執行命令的返回狀態 0 當前執行的指令碼名 位...
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