一、基於snps和indels估計遺傳距離
plink --file --distance-matrix --recode --out distance.out
生成兩個檔案：
二、接下來基於遺傳距離矩陣構建系統進化樹軟體使用
/lustre/softs/phylip neighbor （鄰接法）,輸入mdist檔案,生成outfile和outree
三、使用figtree對outree聚類樹的視覺化
引自：mingzhou li at al., nature genetics
關於構建可進化的系統
在最近一篇帖子上，mike amundsen寫了構建可進化的系統，對他的演講 超越rest 乙個打造穩定 可進化的web應用程式的方案 做了補充。在那場演講裡，他希望回答的問題是 我們如何設計和實現分布式網路解決方案，使之隨著時間的推移仍然保持穩定和靈活？他說 把乙個 應用 放到可以觸及的 web上...
基於遺傳演算法的排課系統
一 介紹 隨著近幾年各個高校的合併與擴招，我國的綜合性大學和各個高校中在校的學生數量的大大增加，對於高校教務部門來說，排課工作是非常令人頭痛的事，經常會出現課程排列衝突，比如 乙個教師在同一時間上兩門課，有兩個教師同時去乙個教室上不同的課程，有些教師在特定時間不可以上課。如果沒有很好地解決這些衝突，...
基於遺傳演算法的排課系統
一 介紹 隨著近幾年各個高校的合併與擴招，我國的綜合性大學和各個高校中在校的學生數量的大大增加，對於高校教務部門來說，排課工作是非常令人頭痛的事，經常會出現課程排列衝突，比如 乙個教師在同一時間上兩門課，有兩個教師同時去乙個教室上不同的課程，有些教師在特定時間不可以上課。如果沒有很好地解決這些衝突，...