續 關於PubChempy的使用

2021-10-25 17:31:32 字數 2153 閱讀 1167

import pubchempy as pcp


c = pcp.compound.


from_cid


(4396


)# #分子式


print


(c.molecular_formula)


# #分子質量


print


(c.molecular_weight)


# #smiles


print


(c.isomeric_smiles)


# #iupac名


print


(c.iupac_name)
import pubchempy as pcp


c = pcp.compound.


from_cid


(4396


)results = pcp.


get_compounds


('alanine'


,'name'


)for i in results:


print


('cid: {}\tname: {}'


.format


(i.cid, i.iupac_name)


)# get_compounds的預設設定是2d化合物結構資訊，所以如果要取得3d結構式的相關資訊我們可以修改設定引數來檢視


c_4396 = pcp.


get_compounds


(4396


,'cid'


, record_type=


'3d'


)c_4396 = c_4396[0]


print


(c_4396.mmff94_energy_3d, c_4396.volume_3d)
例如我們輸入，iupac名稱，分子式，smiles，分子量，xlogp，tpsa，分子複雜度

import pubchempy as pcp


properties =


['iupacname'


,'molecularformula'


,'canonical_smiles'


,'molecularweight'


,'xlogp'


,'complexity'


]a = pcp.


get_properties


(properties,


'alanine'


,'name'


)print


(a)
通過調整引數as_dataframe=true我們可以把所需要的資訊轉化成dataframe格式便於瀏覽和檢閱。對於分子式是c6h6cl6的化合物，可得到六氯化苯及其所有的同分異構體的全部資訊。

import pubchempy as pcp


import pandas as pd


c6h6cl6_info = pcp.


get_compounds


('c6h6cl6'


,'formula'


, as_dataframe=true)


print


(c6h6cl6_info.


head()


)c6h6cl6_info.to_csv (


"d:"


,index=false,sep=


',')
也可以利用get_properties()來得到選定的化合物性質資訊

c6h6cl6_info_properties = pcp.


get_properties([


'isomeric_smiles'


,'iupac_name'


,'molecular_weight'


,'xlogp'


,'rotatable_bond_count'],


'atrazine'


,'name'


, as_dataframe=true)


print


(c6h6cl6_info_properties)


c6h6cl6_info_properties.to_csv (


"d:"


,index=false,sep=


',')
其中「atrazine","name"可使用不同的資訊進行檢索，如：分子式等。

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