又乙個求交集

2021-10-25 06:51:37 字數 2085 閱讀 2753

待處理檔案如下

為了批量處理,先把檔名存於de_results.txt

對ab,bc,cd,de,ef中第四列為負數(logfc < 0)的項取出來

然後求交集

```python

#!usr/bin/python

import re

filename =

file

=open

('.//data//ageing//de_results//de_results.txt'

,'r'

)for i in

file

: i = i.strip(

'\n'

)file

.close(

)filevar =

for i in

range

(len

(filename)):

filevar[i]

=open

('data/ageing/de_results/'

+filename[i]

,'r'

)c =

b =[

]#a = filevar[0].readline(500)

#print(a)

for i in

range

(len

(filevar)):

b = filevar[i]

.readlines(

)#print(c[2][1])

d =[

]f =

for i in

range

(len

(c))

: f =

for j in

range

(len

(c[i]))

: a = c[i]

[j].split(

)if re.match(

'logcpm'

,a[3])

:continue

#else:

# print(type(float(a[3])))

elif

float

(a[3])

<0:

#print(a[3])0]

)'''

print(d[1][0])

print(d[1][1])

print(d[1][2])

print(d[2][0])

print(d[2][1])

print(d[2][2])

'''for i in

range

(len

(d))

: d[i]

=set

(d[i]

)print

(len

(d[i]))

file

=open

('data/ageing/de_results/'

+'0591214.txt'

,'w'

)m = d[0]

.intersection(d[5]

.intersection(d[9]

.intersection(d[12]

.intersection(d[14]

))))

file

.write(

str(m)

)file

.write(

'\ntotal gene numbers is {}'

.format

(len

(m))

)file

.close(

)for i in

range

(len

(filevar)):

filevar[i]

.close(

)

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