待處理檔案如下
為了批量處理,先把檔名存於de_results.txt
對ab,bc,cd,de,ef中第四列為負數(logfc < 0)的項取出來
然後求交集
```python
#!usr/bin/python
import re
filename =
file
=open
('.//data//ageing//de_results//de_results.txt'
,'r'
)for i in
file
: i = i.strip(
'\n'
)file
.close(
)filevar =
for i in
range
(len
(filename)):
filevar[i]
=open
('data/ageing/de_results/'
+filename[i]
,'r'
)c =
b =[
]#a = filevar[0].readline(500)
#print(a)
for i in
range
(len
(filevar)):
b = filevar[i]
.readlines(
)#print(c[2][1])
d =[
]f =
for i in
range
(len
(c))
: f =
for j in
range
(len
(c[i]))
: a = c[i]
[j].split(
)if re.match(
'logcpm'
,a[3])
:continue
#else:
# print(type(float(a[3])))
elif
float
(a[3])
<0:
#print(a[3])0]
)'''
print(d[1][0])
print(d[1][1])
print(d[1][2])
print(d[2][0])
print(d[2][1])
print(d[2][2])
'''for i in
range
(len
(d))
: d[i]
=set
(d[i]
)print
(len
(d[i]))
file
=open
('data/ageing/de_results/'
+'0591214.txt'
,'w'
)m = d[0]
.intersection(d[5]
.intersection(d[9]
.intersection(d[12]
.intersection(d[14]
))))
file
.write(
str(m)
)file
.write(
'\ntotal gene numbers is {}'
.format
(len
(m))
)file
.close(
)for i in
range
(len
(filevar)):
filevar[i]
.close(
)
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