1.實驗/程式設計目的:
使用fsl工具對dti資料進行預處理,提取fa、md等影象
2.訓練/測試資料:
乙個dti影象資料
3.核心演算法:
4.實現步驟/流程圖:
1)壓縮資料:首先可以用mricrom中的dcm2nii工具將原始的dwi影象轉換成nifti(.nii),
生成4個檔案
兩個檔案 .bval 和 .bvec分別表示磁場梯度施加的強度和方向
2)提取b0影象
需處理的檔案為:.nii.gz格式的dti資料
命令:fslroi transdata1.nii.gz b0.nii.gz 0 1
後面的0 1代表從0個影象開始,提取出1張
輸入檔案是transdata1.nii.gz,所以輸出檔案:b0.nii.gz,包含了第一張影象b值為0的影象
3)腦提取(bet):腦提取的目的就是為了獲得乙個去除顱骨後腦的掩模
bet [options]
-o 生成覆蓋在原始影象上的腦表面輪廓
-m 生成二進位制腦掩碼
-s 生成粗糙的頭骨影象
-n 不生成預設的腦影象輸出
-f 分數強度閾值(0,1);預設為0.5;較小的值給出更大的腦輪廓估計
輸入命令:bet2 b0.nii.gz b0_brain.nii.gz -m -f 0.3
輸入b0.nii.gz,輸出去除顱骨後腦影象b0_brain.nii.gz和掩碼b0_brain_mask.nii.gz
4)渦流矯正eddy_openmp
糾正渦流引起的扭曲和主體的運動,它可以處理比eddy_correct(早期版本)更高的b值資料
–imain乙個影象檔案,被處理的原始dti資料
–mask用1和0指定大腦(1)和非大腦(0)的單個卷影象檔案。通過在第乙個b=0的影象上執行bet獲得。
–acqp描述imain中不同影象的採集引數的文字檔案–建立acqparams.txt,寫入以下任選一種
根據官方文件,他告訴我們如果沒有掃瞄器製造商足夠的經驗,使用中幾乎不需要去設定真的該引數,只需要對topup和eddy使用相同的檔案:
does the brain jump up and down?使用
0 1 0 0.05
0 -1 0 0.05
does the brain bounce from side to side? 使用
1 0 0 0.05
-1 0 0 0.05
例如:
–index乙個文字檔案,它決定acqp和imain兩者之間的關係
建立乙個index.sh,寫入,
indx=""
for ((i=1; i<=x; i+=1)) do
indx="$indx 1"; done
echo $indx > index.txt
x=步驟1)中的16,建立index.txt檔案,
如果不會.sh就寫入16個1
–bvecs描述擴散加權的方向的文字檔案。
–bvals具有b-values的文字檔案
命令:eddy_openmp --imain=transdata1.nii.gz --mask=b0_brain_mask.nii.gz --acqp=acqparams.txt
–index=index.txt --bvecs=transdata1.bvec --bvals=transdata1.bval --out=eddy_corrected_data
輸出校正後的
5)張量計算
輸入:ditfit -k -o -m -b
dtifit --data=eddy_corrected_data.nii.gz --out=dti --mask=b0_brain_mask.nii.gz --bvecs=transdata1.bvec --bvals=transdata1.bval
輸出:• _v1 - 1st eigenvector第一特徵向量
• _v2 - 2nd eigenvector
• _v3 - 3rd eigenvector
• _l1 - 1st eigenvalue第一特徵值
• _l2 - 2nd eigenvalue
• _l3 - 3rd eigenvalue
• _md - mean diffusivity平均擴散率
• _fa - fractional anisotropy 分數各向異性
• _mo - mode of the anisotropy (oblate ~ -1; isotropic ~ 0; prolate ~ 1) 各向異性的模式(扁形~ -1;各向同性~ 0;扁長的~ 1)
• _s0 - raw t2 signal with no diffusion weighting無擴散加權的原始t2訊號
6)檢視提取結果
命令:fsleyes
開啟介面,將檔案拖到介面就可以顯示
跟蹤記錄使用者
1 標記承載使用者身份的http請求首部 form 存放email user agent 監聽瀏覽器 3 使用者登入 4 胖url,開始進入 的時候,會生成乙個標識,加在每個a標籤上,當訪問此網頁的所有鏈結時,伺服器識別出標識知 道還是這個客戶,1缺點 1.不美觀,2.對伺服器生產額外複雜 3.不能...
記錄使用者操作
在最近工作中,博主手頭上的web專案提了乙個新的需求,這個需求大體上就是希望系統能夠記錄使用者做了哪些操作,包括這些操作的細節。大家都知道,使用者的操作無非就是增,刪,改,查。因為我現在做的這個專案對使用者的查詢操作不敏感,所以只需記錄增,刪,改。在做之前呢,我的leader給了我乙個建議 你要不寫...
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