基因在細胞系當中的表達資料庫,CCLE使用簡述

2021-10-18 07:06:19 字數 704 閱讀 8483

相信大家都聽說過ccle(cancer cell line encyclopedia)。簡單來說,這個資料庫做了很多細胞系當中基因表達、突變、拷貝數以及dna甲基化的結果。利用這個資料庫我們可以了解乙個細胞系當中某乙個基因的基本情況。那麼這麼豐富的資料要如何使用呢?下面我們簡單介紹一下。

這裡我們以基因ythdf1為例,輸入後提交。

其中可以看到共包括5個選單欄,下面我們就每個選單欄的功能進行簡要介紹。

1.distribution by lineage

該模組資料按照細胞系分布。

預設選項開啟後可得到如下結果:顯示給定資料集的基因表達資料的分布。箱形圖通過不同細胞系中基因表達的平均分布進行分類和著色。高表達分布在左側,並用紅色顯示。