python 轉dll 單行資料轉fa

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/單行資料轉 fa/

雖然已經慢慢淡出生信領域，慢慢滲透到 it, 看到洲更和阿秭發這種讓人手癢的問題， 就忍不住在寫完一堆自己都想吐的邏輯實現後抓住這個小問題練習一下，避免手生， 也算是給摸了這麼長時間的魚一點安慰吧。

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可能是最簡單的方式

這是非常適合萌新上手的練習，如果你還沒有 linux 也沒關係， git for windows 提供了 常用的 gnu 工具包括sed awk grep 三劍客

2python 的方式

with open("./temp","r") as fi, open("./b.txt","w") as fo:    for line in fi:        tmp = line.split("\t")        print(">"+'|'.join(tmp[:3])+"\n"+tmp[3],file=fo)

with open("./temp","r") as fi, open("./c.txt","w") as fo:    for line in fi:        tmp = line.split("\t")        print(">"+'|'.join(tmp[:3]),file=fo)        for i in range(len(tmp[3])//100):            print(tmp[3][i*100:(i+1)*100],file=fo)        print(tmp[3][(len(tmp[3])//100)*100:],file=fo)

#include #include #include typedef struct  fasta;char fmtfa(char *iname,char *oname)    fasta *fa = (fasta  *)malloc(sizeof(fasta));    while(fgets(line, sizeof(line), fi)!= null)		fclose(fi);    fclose(fo);};int main()

gcc ./mylib.c -shared -o mylib.dll

from ctypes import *mylib = cdll.loadlibrary("./mylib.dll")mylib.fmtfa(create_string_buffer(b"./temp"),create_string_buffer(b"./d.txt"))

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