GEO資料探勘(2) GEO資料庫

2021-10-17 23:09:33 字數 620 閱讀 8932

geo全稱:gene expression omnibus

geo資料庫起先只是為表達晶元資料準備的,後期納入了各種ngs組學資料,文章裡面會給出資料位址,gse id號,由此我們就可以進入geo資料庫,進而了解它!

如gse84498:

一篇文章可以有乙個或者多個gse資料集,乙個gse裡面可以有乙個或者多個gsm樣本。多個研究的gsm樣本可以根據研究目的集成為乙個gds,不過gds本身用的很少。而每個資料集都有著自己對應的晶元平台,就是gpl。

GEO資料探勘構建基因表達矩陣

1 geo資料庫介紹 geo全稱gene expression omnibus,由美國國立生物技術資訊中心ncbi建立並維護的基因表達資料庫。建立於2000年,收錄世界各國研究機構提交的高通量基因表達資料。geo上有四類資料gsm,gse,gds,gpl 1.gsm是單個樣本的實驗資料 2.gds是...

十五 redis衍生資料結構之GEO

geo是redis3.2新增的乙個特性。用於計算地理位置資訊相關的一些功能。geo可以用於儲存經緯度 計算兩地之間的距離 範圍計算等。geo其實是使用zset來實現的。比如在刪除的時候可以使用zset的相關命令 zram key member 命令geoadd key longitude latit...

redis特殊資料型別Geo(地理位置)

常用命令 命令說明 geoadd 新增地理位置的座標 geopos 獲取地理位置的座標 geodist 計算兩個位置之間的距離 georadius 根據使用者給定的經緯度座標來獲取指定範圍內的地理位置集合 georadiusbymember 根據儲存在位置集合裡面的某個地點獲取指定範圍內的地理位置集...