1.rna-seq名詞解釋index 測序的標籤，用於測定混合樣本，通過每個樣本新增的不同標籤進行資料區分，鑑別測序樣品。2.測序名詞解釋
3.高通量測序常用名詞解釋
4.轉錄組測序問題集錦
鹼基質量值 （quality score或q-score）是鹼基識別（base calling）出錯的概率的整數對映。鹼基質量值越高表明鹼基識別越可靠，鹼基測錯的可能性越小。
q30 鹼基質量值為q30代表鹼基的精確度在99.9%。
fc（fold change） 即差異表達倍數。
fdr（false discovery rate） 即錯誤發現率，定義為在多重假設檢驗過程中，錯誤拒絕(拒絕真的原(零)假設)的個數佔所有被拒絕的原假設個數的比例的期望值。通過控制fdr來決定p值的閾值。
p值（p-value） 即概率，反映某一事件發生的可能性大小。統計學根據顯著性檢驗方法所得到的p 值，一般以p<0.05為顯著，p<0.01為非常顯著，其含義是樣本間的差異由抽樣誤差所致的概率小於0.05或0.01。
可變剪接（alternative splicing） 有些基因的乙個mrna前體通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點）產生不同的mrna剪接異構體，這一過程稱為可變剪接(或選擇性剪接，alternative splicing)。可變剪接是調節基因表達和產生蛋白質組多樣性的重要機制，是導致真核生物基因和蛋白質數量較大差異的重要原因。在生物體內，主要存在7種可變剪接型別：a）exonskipping；b）intron retention；c) alternative 5' splice site；d) alternative3' splice site；e) alternative first exon；f) alternativelast exon；g) mutuallyexclusive exon。
外顯子跳躍（exon skipping） 外顯子在前體mrna剪接形成成熟mrna過程中被跳過，最終沒有出現在某些成熟mrna上，這種剪接機制被稱為外顯子跳躍。
內含子保留（intron retention） 前體mrna在剪接形成成熟mrna的過程中，部分內含子被保留下來，這種剪接機制被稱為內含子保留。
5'或3'端可變剪接 前體mrna在剪接形成成熟mrna的過程中，5'端或3'端邊界發生不同方式的剪接，這種剪接機制被稱為5'或3'端可變剪接。12.基因結構優化 由於使用的軟體或資料本身的侷限性，導致所選參考基因組的注釋往往不夠精確，需要對原有注釋的基因結構進行修正，這一過程稱為基因結構優化。
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