go kegg GO KEGG一鍵出結果

2021-10-13 21:10:38 字數 1408 閱讀 2799

前言工具**後記

這麼大喜的日子,就給大家提供乙個簡單的go/kegg富集分析的工具吧,直接將下面**匯入r裡執行就可以得到結果了。

每次只需要修改:

file="go-0520.xlsx"page=4

這兩個即可。

其中,go-0520.xlsx是檔名,page是xlsx檔案的sheet數。

關於檔案go-0520.xlsx的形式如下:

# 每次只需修改頁數和檔名即可

file="go-0520.xlsx"

page=4

if (t) 

for (i in 1:page) 

# 基因轉換

if (t) 

# kk

if (t) 

# go

if (t) )

go1=go_enrich_results[[1]]@result

go2=go_enrich_results[[2]]@result

go3=go_enrich_results[[3]]@result

write.csv(go1,paste0('go/',names(degs)[i],'_bp.csv'))

write.csv(go2,paste0('go/',names(degs)[i],'_mf.csv'))

write.csv(go3,paste0('go/',names(degs)[i],'_cc.csv'))}}

最後可以得到go和kegg的結果,以**形式存在:

go結果如下:

kegg結果如下:

具體內容形式如下:

今天沒有後記,因為明天,大家還要繼續過節

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