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1.軟體安裝

解壓

(base) fyx@huangji-5885h-v5:~/biosoft$ tar -zxvf ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz (base) fyx@huangji-5885h-v5:~/biosoft/ncbi-blast-2.10.1+/bin$ ls blastdb_aliastool blast_formatter blastx deltablast legacy_blast.pl makeprofiledb rpstblastn tblastx blastdbcheck blastn cleanup-blastdb-volumes.py dustmasker makeblastdb psiblast segmasker update_blastdb.pl blastdbcmd blastp convert2blastmask get_species_taxids.sh makembindex rpsblast tblastn windowmasker

新增到全域性變數，將blast+可執行程式所在目錄（bin）的絕對路徑加入到環境變數$path中，方便通過程式名直接呼叫，否則只能在安裝目錄下的bin資料夾中呼叫程式。

export path=/home/riceusers/fyx/biosoft/ncbi-blast-2.10.1+/bin:$path

路徑為軟體解壓目錄下的bin檔案的路徑

(base) fyx@huangji-5885h-v5:~/biosoft/ncbi-blast-2.10.1+/bin$ pwd
/home/riceusers/fyx/biosoft/ncbi-blast-2.10.1+/bin
(base) fyx@huangji-5885h-v5:~$ ls -a
.bashrc
(base) fyx@huangji-5885h-v5:~$ vim .bashrc
# >>> conda initialize >>>
# !! contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('/home/riceusers/fyx/miniconda2/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "/home/riceusers/fyx/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "/home/riceusers/fyx/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh"
else
export path="/home/riceusers/fyx/miniconda2/bin:$path"
fifiunset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<:>
export pkg_config_path=/home/riceusers/fyx/local/lib:$pkg_config_path
export path=home/riceusers/fyx/local:$path
export path=/home/riceusers/fyx/biosoft/ncbi-blast-2.10.1+/bin:$path #在.bashrc最後一行加入該行，.bashrc
，.bashrc在家目錄（home）

執行以下命令檢視是否安裝成功

(base) fyx@huangji-5885h-v5:~$ blastn -version
blastn: 2.10.1+
package: blast 2.10.1, build may 12 2020 12:15:11

2.建庫

用自己的序列建庫

makeblastdb -in msuv7.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out msuv7

在家目錄（home）建立並編輯.ncbirc檔案。建立乙個資料夾作為庫檔案的存放地方，可以命名為blastdb。

(base) fyx@huangji-5885h-v5:~$ vim .ncbirc ; start the section for blast configuration [blast] ; specifies the path where blast databases are installed blastdb=/home/riceusers/fyx/blastdb ; specifies the data sources to use for automatic resolution ; for sequence identifiers data_loaders=blastdb ; specifies the blast database to use resolve protein sequences blastdb_prot_data_loader=/home/riceusers/fyx/blastdb/nr ; specifies the blast database to use resolve protein sequences blastdb_nucl_data_loader=/home/riceusers/fyx/blastdb/msuv7 #上面建庫的路徑及輸出的庫名稱 blastdb_nucl_data_loader=/home/riceusers/fyx/blastdb/rufi #上面建庫的路徑及輸出的庫名稱，如果建了多個庫（都在/home/riceusers/fyx/blastdb路徑），不需要把所有庫的路徑都加在這裡，只要在/home/riceusers/fyx/blastdb這個路徑下就行。 ; windowmasker settings [window_masker] window_masker_path=/home/riceusers/fyx/blastdb/windowmasker ; end of file

開始blast

blastn -query 1.fa -db msuv7 -outfmt 7 #如果想要比對短序列（20bp左右），可以加上引數-task blastn-short

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