linux命令示例

對於mac pro來說，經常出現一種情況是 ：登入沒問題，但是超過5 分鐘不操作就會出現問題，沒法輸入，不得不重啟終端。解決方法是：

在mac，開啟終端，不要登入伺服器

然後在本地執行下面命令

cat  >~/.ssh/config

host *
serveraliveinterval 120
tcpkeepalive no
^c

ssh  [email protected]

複製貼上下面兩行**：

echo  'export ps1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc

source  ~/.bashrc

man  ls     ## 用 man 命令檢視 ls 命令的幫助文件

help  ls    ## 用 help 命令檢視 ls 命令的幫助文件   
ls  --help  ## 用 --help 引數檢視 ls 命令的幫助文件

ls              ## 列出當前目錄的檔案

ls  ./          ## 同上，『.』號代表當前目錄
ls  ./*txt      ## 列出當前目錄下以 txt 結尾的檔案
ls  ../         ## 列出上層目錄的檔案
ls  -a          ## 列出當前目錄下的所有檔案，包括隱藏檔案
ls  -l          ## 列出當前目錄下檔案的詳細資訊
ll              ## ls  -la 的簡寫
ls  -lh         ## 加上 -h 引數，以 k、m、g 的形式顯示檔案大小
ls  -lh  /      ## 列出根目錄下檔案的詳細資訊

cd  ..       ## 切換到上層目錄，相對路徑

cd  /        ## 切換到根目錄
cd  /teach/  ## 切換到根目錄下的teach，絕對路徑
cd  -        ## 返回上一次的工作目錄
cd  ~        ## 回到使用者家目錄
cd           ## 同上，回到使用者家目錄

# 建立目錄

mkdir dir0
lsmkdir dir0/sub1/sub2
lsls dir0
mkdir -p dir0/sub1/sub2
ls dir0
ls dir0/sub1/
mkdir -p  test/test
tree

ls

touch  file.txt  new.txt
lstouch  file
ls

rm  -i  file.txt

ls  file*
rm  file*
rm  -r  test1

mv  file1   data/file2

cp   readme.txt   data/

mkdir  dir0
cp  -r  dir0  data/

ln -s /teach/software/miniconda3-latest-linux-x86_64.sh  ./

## 解壓

tar  -zxvf  data.tar.gz
## 壓縮
tar  -zcvf  data.tar.gz    data  ...

cat  readme.txt

cat  -n  readme.txt
## 寫入檔案
cat >file
welcome to biotrainee() !
^c          ## 這裡是按crtl  c
## 檢視
cat file
welcome to biotrainee() !

head  -n  20  data/example.fq

## 檢視 .bashrc 的最後 10 行
tail  ~/.bashrc
## 檢視第20行
head  -n  20  data/example.fq | tail -1

less  data/example.fq

less -s data/example.fq
less -n data/example.fq
zless -n data/reads.1.fq.gz

cat -n readme.txt

cat readme.txt | wc 
wc -l readme.txt

less -s data/example.gtf | cut -f 1,3-5

less -s data/example.gtf | cut -d 'h' -f 1

less -s data/example.gtf | sort -k 4 | less -s

less -s data/example.gtf | sort -n -k 4 | less -s
​

less -s data/example.gtf | cut -f 3 | sort | uniq -c

less -s data/example.fq | paste - - - | less -s

paste file1 file2

cat readme.txt | tr 'e' 'e'

cat readme.txt | tr '\n' '\t'
cat readme.txt | tr -d 'e' 
​

grep biotrainee -r ./

less -s data/example.fq | grep 'gene'
less -s data/example.fq | grep -w 'gene'
less -s data/example.fq | grep -v -w 'gene'
​

cat readme.txt  | grep '^t'

cat readme.txt  | grep ')$'
cat readme.txt  | grep 'f.ee'
cat readme.txt  | grep 'f\?ee'
cat readme.txt  | grep 're\+'
cat readme.txt  | grep [bb]
​

cat readme.txt | sed '1i welcome to biotrainee() '

cat readme.txt | sed '1a welcome to biotrainee() '
cat readme.txt | sed '1c welcome to biotrainee() 
cat readme.txt | sed 's/is/is/g'
cat readme.txt | sed '/^$/d'
cat readme.txt | sed  'y/abc/abc/'

less -s  data/example.gtf | awk '' | less -s

less -s  data/example.gtf | awk '' | less -s
less -s  data/example.gtf | awk -f '\t' '' | less -s
less -s  data/example.gtf | awk '' | less -s
less -s  data/example.gtf | awk ' else}' | less -s
less -s data/example.gtf | awk '/gene/' | less -s
less -s data/example.gtf | awk 'begin /utr/ end'
less -s data/example.gtf | awk 'begin ' | less -s
less -s data/example.gtf | awk 'begin ' | less -s
​

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