一、常見的格式
當下有非常多的序列分析軟體，與此同時也存在非常多的序列檔案格式，主流的幾種格式是: fasta, nexus,phylip, genbank等。更多的序列檔案格式說明檢視
fasta格式
fasta格式中的一條完整序列，包含開頭的單行描述行和多行序列資料。描述行行首前置半形大於號（「>」）以和資料行區分。「>」後緊接的內容為該序列的識別符號，該行剩餘部分則為序列的描述（識別符號與描述均非必須）。「>」和識別符號之間不應有空格。序列的結束以下一條序列的「>」出現為標識。fasta格式中的一條序列由多行文字組成，每一行的字元數均不能超過120字元，通常不推薦超過80字元。這一限制可能與軟體為單行顯示預分配固定大小記憶體有關：當時大部分的使用者都使用dec vt（或其相容）終端，而這一終端單行支援顯示的字元數上限在80到132個之間。大部分人會將他們的終端配置為字型大小較大的80字元模式，因此在fasta中每行只包含80字元或更少（通常為70字元）成為了推薦的做法。且nucleotide符號大小寫均可，而amino acid一般用大寫字母。
ps(postscript):
nexus格式
nexus副檔名包括: .nxs or .nex or .nexus
nexus檔案以1#nexus開頭；2定義了檔案中有多少條序列，以及每條序列的長度；3表示資料的型別（dna/protein）以及缺失資料。
二、格式之間的轉換工具
各種主流的檔案格式在這裡都可以進行轉換。
此外，mega, clustalx等非常多軟體都支援序列各檔案格式的轉換。
sequence formatsemboss.sourceforge.net
references:
1、fasta wikipedia
程式設計中空格的使用
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