1. luna資料集的由來
luna16資料集是最大公開肺結節資料集lidc-idri的子集,lidc-idri資料集包括1018個低劑量的肺部ct影像。在lidc-idri資料集中,有三種區域會標註出來,直徑》3mm的結節,直徑<3mm的結節以及非結節(但是肺部畸變區域),回到luna16,在888張ct中,共有36378個結節被標出(lidc-idri標註的)。
從lidc-idri到luna16資料篩選過程:
(1)將直徑》3mm的結節篩選出來,其它的不用,既不作為正樣本也不作為負樣本,所以如果你的演算法檢測出這些區域,不會處理為false positive,當然更不是true positive,直接無視之,此時還有5765個結節;
(2)將相近的結節融合,融合後還有2290個結節;
(3)將三個以上專家標註的結節作為檢測使用,共有1186個結節,也就是最後的實驗資料。
luna16資料集包括888低劑量肺部ct影像(mhd格式)資料,每個影像包含一系列胸腔的多個軸向切片。每個影像包含的切片數量會隨著掃瞄機器、掃瞄層厚和患者的不同而有差異。原始影象為三維影象。每個影象包含一系列胸腔的多個軸向切片。這個三維影象由不同數量的二維影象組成。
2. 資料集檔案內容
3. luna16競賽規則
比賽共有兩項,乙個是complete nodule detection,另乙個是false positive reduction,前者要求實現乙個完整的檢測系統,後者要求對給定區域進行二分類,是否為結節。
整個資料集是十份的,每份ct數相等,針對該資料集要執行10折交叉驗證,總共可以分為四步
(1)取乙份做測試集,其餘九份做訓練集
(2)在訓練集上訓練演算法
(3)在測試集上測試,並生成結果檔案
(4)完成10折交叉驗證後,將所有結果融合為乙份
最終提交檔案要求為.csv格式,每行為乙個標註,具體格式就是 image identifier,x,y,z,score,其中第乙個代表某個ct,x,y,z為結節座標,score為置信度。
如果提交的座標位於結節半徑範圍內,則為正,也就是true positive,如果有多個候選區都與乙個結節相關,則選取置信度最高的。若候選區檢測出irrelevant nodules,則忽略掉,既不是正也不是負,剩下的候選區都可以歸為false positive了。
有了正負樣本的定義,就要進行評估,luna16採用的是froc(free-response receiver operating characteristic)準則。最終的評比準則是0.125,0.25,0.5,1,2,4,8七個點召回率的平均值。
LUNA16資料集肺結節顯示親測
ps主要是基於該博主 的luna16資料集系列上的親測為更加小白的我一樣。博主的方法可行但是有些還有補全才能出結果,希望對你有幫助。1.資料集太大了我就上傳我用的這個序列 import itk as sitk import matplotlib.pyplot as plt import numpy ...
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