1. samtools和picard的排序問題
samtools和picard都有對sam/bam檔案進行排序的功能，一般都是基於座標排序(還提供了-n選項來設定用reads名進行排序),先是對chromosome或contig進行排序，再在chromosome/contig內部基於start site從小到大排序，對start site排序很好理解，可是對chromosome/contig排序的時候是基於什麼標準呢？
基於你提供的ref.fa檔案中的chromosome/contig的順序。當你使用比對工具將fastq檔案中的reads比對上參考基因組後會生成sam檔案，sam檔案包含頭資訊，其中有以@sq開頭的頭資訊記錄，reference中有多少條chromosome/contig就會有多少條這樣的記錄，而且它們的順序與ref.fa是一致的。
當使用samtools或picard對sam/bam檔案進行排序時，這些工具就會讀取頭資訊，按照頭資訊指定的順序來排chromosome/contig。所以進行排序時需要提供包含頭資訊的sam/bam檔案。
@rg：比對上的序列（read）說明
第二部分：聯配必要資訊，每一行有12行，通過tab鍵分割。
第一列：rname（qname）即為fq對應的read id。這一列代表read的名字（比對片段的編號）
第二列：flag 比對資訊位。
想要讀懂他的乙個關鍵點是將flag值轉換為一串由0,1組成的二進位製碼，這一串二進位制數中的每乙個
位（bit）都代表乙個特定的資訊，他一共有12位，所以一般會用乙個16位的整數來代表，這個整數的
值就是由12個0或1組合計算得出的。因此他的數值範圍在0~2^12（2048）
舉乙個例子，flag=77=000001001101(左邊補5個0)=1+4+8+64
flag包含資訊：pe reads、read比對不上參考序列，它的配對read也比對不上，它是read1
這個值告訴我們這個read比對到參考序列上這個位置的可靠程度。相當於q
第六列：cigar 比對資訊（雪茄字串）
它用數字和幾個字元的組合形式記錄了read比對到參考序列上的細節資訊，讀起來比flag直觀友好很多，只是
記錄的資訊不同。例子：33s117m，意思是在比對的時候這條read開頭的33bp被跳過了（s），緊接其後的117bp
則比對上參考序列（m）。這裡的s意思都是soft clip。
cigar的標記字元有：midnshp=xb
第七、八、九列：mate information
rnext：配對read所比對到的染色體（pe才有）
=號代表比對到了相同的染色體上。
pnext：配對read所比對到的位置（pe才有）
tlen：插入片段的長度：如果所有段都對映到相同的參考序列，則tlen的絕對值等於模板的對映末端與模板的對映起始點之間的距離，包括端值（即end-start + 1）。當多段模板的第乙個或最後乙個段未對映時，或者當兩個對映到不同的參考序列時，它將設定為0。
第十、十一列：
seq：read序列
qual：read質量值
這兩列相當於fastq的二四行
第十二列：metadata 元資訊
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