天河超算bscc a超算中心使用筆記

集群配置

conda 換清華源

先執行如下命令（注意替換your_email@address為自己的帳號/郵箱）

例如：然後輸入帳號密碼即可

使用ssh登入超算

例如：使用sftp傳輸檔案

例如：注意將account換成bscc-a上的使用者帳號

檢視賬戶可以同時提交任務的數目以及可以同時使用的節點數目

sacctmgr show assoc

檢視以供有多少任務在執行

squeue -h -t pending,running -r | wc -l

檢視儲存空間使用情況

lfs quota -uh pg2236 ~

儲存git的驗證資訊

git config credential.helper store

設定**ip以連線外網。在~/.bashrc檔案加入：

export ftp_proxy=bscc-a5換成

export https_proxy=在~/.bashrc中加入：

alias ll='ls -lah'
alias l='ls -lah'
alias rm="rm -rf"
alias wget="wget -c"
alias pta="conda activate pta"
alias ptapolar="conda activate ptapolar"
alias cp="cp -r"
alias tail="tail -f"
alias ln="ln -s"
alias squeue="squeue --format='%.8i %.9p %30j %10u %.8t %.12m %9n'"
# add tempo2 path
export tempo2=$home/opt/tempo2/share
export path=$path:$home/opt/tempo2/bin
export ld_library_path=$ld_library_path:$home/opt/tempo2/lib:$home/opt/miniconda3/lib
export cpath=$cpath:$home/opt/tempo2/include
export path=$home/bin:$path

wget tar xvf htop-3.0.2.tar.gz ./configure --prefix=$home/opt/htop && make -j && make install

ln ~/opt/htop/bin/htop ~/bin/htop

cd ~/opt
git clone 
#git clone

在~/.bashrc檔案加入：

# add z.lua
eval "$(/usr/bin/lua $home/opt/z.lua/z.lua --init bash enhanced once fzf)"
export _zl_echo=1

參考

wget chmod +x miniconda3-latest-linux-x86_64.sh ./miniconda3-latest-linux-x86_64.sh conda update conda conda create -n pta python=3 conda activate pta # conda install matplotlib astropy cython ephem jupyter conda install matplotlib astropy cython ephem # python -m ipykernel install --user --name pta --display-name "pta" conda install -c conda-forge scikit-sparse healpy ptmcmcsampler # conda install -c conda-forge scikit-sparse pint-pulsar healpy conda install -c anaconda mpi4py

conda install -c astropy corner

git clone mkdir $tempo2 -p cp t2runtime/* $tempo2 -r ./bootstrap ./configure --prefix=$home/opt/tempo2 make -j && make install -j

make plugins -j && make plugins-install -j

在執行./bootstrap後需要改configure檔案，加入27546行的內容

27544 $as_echo_n "checking for fortran libraries of $fc... " >&6; } 27545 printf $

27546 ac_cv_fc_libs="-l//lib -l/usr/local/lib -l/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5 -l/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../../../lib64 -l/lib/../lib64 -l/usr/lib/../lib64 -l/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/4.8.5/../../.. -ldl -lgfortran -lm -lgomp -lquadmath -lpthread"

git clone cd acor

python setup.py install

pip install libstempo

git clone cd enterprise

python setup.py install

git clone cd enterprise_extensions/

pip install .

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如何選擇適合自己的超算中心？

國家（深圳）超算中心給我們的啟示

ASC超算競賽及基本思路

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